More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0057 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_1092  major facilitator transporter  58.94 
 
 		 558 aa  635    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4706  General substrate transporter  61.67 
 
 		 564 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0057  major facilitator family transporter  100 
 
 		 539 aa  1087    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0623075  unclonable  0.000000533342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2569  major facilitator transporter  61.17 
 
 		 558 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2407  major facilitator family transporter  58.56 
 
 		 552 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.492598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0547  putative sugar transporter transmembrane protein  60.98 
 
 		 567 aa  672    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.212245  normal  0.692505 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0233  general substrate transporter  60.56 
 
 		 557 aa  674    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00123481 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2684  general substrate transporter  58.93 
 
 		 552 aa  680    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0683854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2965  general substrate transporter  61.55 
 
 		 557 aa  651    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.338503  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0269  major facilitator family transporter  58.56 
 
 		 552 aa  672    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.23534  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0523  major facilitator transporter  62 
 
 		 565 aa  680    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0233357  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0969  major facilitator family transporter  58.93 
 
 		 552 aa  675    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.725639  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2379  general substrate transporter  61.68 
 
 		 573 aa  663    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3359  general substrate transporter  80.52 
 
 		 540 aa  877    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.329289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1427  MFS family transporter  78.29 
 
 		 539 aa  812    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5982  major facilitator transporter  59.66 
 
 		 552 aa  680    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.091803  normal  0.0695037 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1832  general substrate transporter  59.11 
 
 		 574 aa  667    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.357144 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0640  major facilitator family transporter  58.2 
 
 		 552 aa  668    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1849  major facilitator transporter  61.67 
 
 		 556 aa  678    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4142  general substrate transporter  60.45 
 
 		 552 aa  675    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142983  normal  0.144482 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0668  major facilitator transporter  60.11 
 
 		 552 aa  685    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.361815  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0076  general substrate transporter  97.4 
 
 		 539 aa  1040    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192863  decreased coverage  0.0000000000146156 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0073  general substrate transporter  98.52 
 
 		 539 aa  1074    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229897  hitchhiker  0.00000000114232 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5955  general substrate transporter  61.52 
 
 		 560 aa  695    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0462  major facilitator transporter  62.18 
 
 		 565 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3350  putative sugar transport protein  59.57 
 
 		 558 aa  686    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0647  general substrate transporter  59.3 
 
 		 552 aa  684    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2044  major facilitator transporter  58.75 
 
 		 552 aa  677    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00306223  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0463  major facilitator superfamily MFS_1  60.7 
 
 		 567 aa  675    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3296  major facilitator transporter  60.43 
 
 		 559 aa  654    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0073  general substrate transporter  99.81 
 
 		 539 aa  1087    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000648863  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2576  general substrate transporter  59.12 
 
 		 552 aa  679    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.598337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1561  major facilitator transporter  60.93 
 
 		 556 aa  689    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.86082  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3033  major facilitator superfamily MFS_1  61.08 
 
 		 564 aa  691    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.449359  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2702  major facilitator transporter  59.12 
 
 		 552 aa  680    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00241693  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0447  major facilitator superfamily MFS_1  61.25 
 
 		 567 aa  672    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.423925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3972  major facilitator superfamily MFS_1  58.44 
 
 		 553 aa  640    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.727747 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16410  putative MFS transporter  77.37 
 
 		 539 aa  809    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0807  major facilitator family transporter  58.93 
 
 		 552 aa  675    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3752  major facilitator superfamily transporter  61.26 
 
 		 564 aa  689    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.875294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0518  major facilitator superfamily transporter  58.58 
 
 		 553 aa  667    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.330299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2669  major facilitator family transporter  58.56 
 
 		 552 aa  672    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.381199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2655  major facilitator transporter  58.75 
 
 		 552 aa  677    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.336699  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3146  general substrate transporter  60.65 
 
 		 559 aa  646    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3298  General substrate transporter  61.42 
 
 		 552 aa  689    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.423953  normal  0.447243 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0811  major facilitator family transporter  58.93 
 
 		 552 aa  675    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1411  general substrate transporter  61.32 
 
 		 549 aa  645    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.966407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0437  major facilitator transporter  59.93 
 
 		 552 aa  685    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0763251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0020  major facilitator family transporter  58.56 
 
 		 552 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4345  major facilitator superfamily transporter  61.01 
 
 		 552 aa  692    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0485  major facilitator superfamily transporter  59.7 
 
 		 552 aa  667    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1948  general substrate transporter  59.59 
 
 		 556 aa  634  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.83327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0240  major facilitator transporter  56.91 
 
 		 563 aa  632  1e-180  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000308236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3698  major facilitator superfamily transporter  59.41 
 
 		 563 aa  634  1e-180  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3839  General substrate transporter  60.11 
 
 		 563 aa  633  1e-180  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.241641  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3756  General substrate transporter  59.93 
 
 		 563 aa  634  1e-180  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3352  major facilitator transporter  59.01 
 
 		 565 aa  629  1e-179  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0919  General substrate transporter  56.17 
 
 		 554 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5595  general substrate transporter  54.99 
 
 		 560 aa  609  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4566  general substrate transporter  54.95 
 
 		 554 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2623  general substrate transporter  53.3 
 
 		 563 aa  602  1.0000000000000001e-171  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6134  major facilitator transporter  55.33 
 
 		 554 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6422  major facilitator transporter  55.15 
 
 		 554 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.726262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0851  MFS family sugar transporter  54.77 
 
 		 556 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.734503  normal  0.560347 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1334  major facilitator transporter  55.51 
 
 		 568 aa  592  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1946  major facilitator transporter  60.3 
 
 		 541 aa  592  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0835  general substrate transporter  55.14 
 
 		 554 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0740201 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4821  general substrate transporter  54.28 
 
 		 554 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3353  major facilitator transporter  54.56 
 
 		 563 aa  574  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6348  major facilitator superfamily MFS_1  54.22 
 
 		 577 aa  568  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2565  major facilitator transporter  53.96 
 
 		 578 aa  559  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5178  major facilitator transporter  53.62 
 
 		 577 aa  558  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763618  normal  0.147804 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2788  major facilitator superfamily MFS_1  53.96 
 
 		 578 aa  560  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2497  major facilitator superfamily MFS_1  54.14 
 
 		 562 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6133  major facilitator superfamily MFS_1  49.91 
 
 		 552 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.376404  normal  0.0270764 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6117  major facilitator superfamily MFS_1  50.65 
 
 		 552 aa  552  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154468  normal  0.620567 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1303  major facilitator superfamily MFS_1  49.46 
 
 		 568 aa  542  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2188  general substrate transporter  50.64 
 
 		 561 aa  533  1e-150  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3981  major facilitator superfamily MFS_1  49.63 
 
 		 552 aa  529  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8529  General substrate transporter  50.85 
 
 		 542 aa  527  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0047  general substrate transporter  48.82 
 
 		 553 aa  522  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252827  normal  0.746127 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3289  major facilitator transporter  56.74 
 
 		 625 aa  514  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3784  major facilitator transporter  49.91 
 
 		 533 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0832  major facilitator family transporter  57.21 
 
 		 632 aa  503  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0888  major facilitator family transporter  57.44 
 
 		 632 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3180  major facilitator transporter  59.07 
 
 		 629 aa  500  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3902  General substrate transporter  54.62 
 
 		 628 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.207036 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4361  MFS permease  58.11 
 
 		 627 aa  487  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84184  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4226  General substrate transporter  53.55 
 
 		 628 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162126 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0012  major facilitator transporter  47.93 
 
 		 527 aa  482  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0062  major facilitator transporter  56 
 
 		 630 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0712  major facilitator transporter  46.77 
 
 		 525 aa  449  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00730852  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1339  putative sugar transport protein  46.59 
 
 		 525 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.922881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2432  major facilitator superfamily MFS_1  44.72 
 
 		 511 aa  443  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1409  major facilitator transporter  44.11 
 
 		 498 aa  439  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4227  major facilitator superfamily MFS_1  45.87 
 
 		 514 aa  438  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.300961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1627  major facilitator transporter  45.4 
 
 		 487 aa  438  1e-121  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2048  General substrate transporter  44.3 
 
 		 539 aa  432  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.617643  normal  0.599548 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2061  major facilitator superfamily MFS_1  46.57 
 
 		 526 aa  434  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00632422  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1953  general substrate transporter  45.24 
 
 		 544 aa  422  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>