More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_1480 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 123 aa  241  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  95.93 
 
 		 123 aa  234  3e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  63.11 
 
 		 130 aa  167  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  61.16 
 
 		 140 aa  166  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  61.67 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  60.33 
 
 		 134 aa  162  2.0000000000000002e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  49.59 
 
 		 133 aa  138  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 132 aa  137  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 131 aa  133  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  48.39 
 
 		 134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  42.28 
 
 		 137 aa  130  6e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  49.12 
 
 		 137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 128 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 128 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0115  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 130 aa  98.6  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01301  ribosome-binding factor A  40.87 
 
 		 130 aa  98.6  3e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.665223  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 118 aa  97.4  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 119 aa  97.8  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01291  ribosome-binding factor A  38.21 
 
 		 130 aa  97.4  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.774457  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 123 aa  94.4  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 122 aa  94  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 126 aa  94  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 		 121 aa  94  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 120 aa  93.6  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 127 aa  93.2  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 118 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 118 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 		 119 aa  91.7  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 118 aa  90.9  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 119 aa  89.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  88.6  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  40.34 
 
 		 121 aa  89.4  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 125 aa  88.2  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 117 aa  85.9  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  34.75 
 
 		 122 aa  84.7  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 118 aa  84.3  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 117 aa  83.6  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  32.46 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 116 aa  82  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 116 aa  82  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 117 aa  82  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  38.68 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 122 aa  80.5  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 116 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 123 aa  79  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  36.97 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 119 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 116 aa  77.4  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  39.22 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  40.4 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 171 aa  75.1  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8062  predicted protein  31.58 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00519858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  37.37 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  34.69 
 
 		 156 aa  73.9  0.0000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  37.19 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 147 aa  73.9  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 		 117 aa  73.6  0.0000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  33.67 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 		 138 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 121 aa  72  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0832  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 120 aa  71.6  0.000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 119 aa  72  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 138 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  36.27 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 175 aa  70.1  0.000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 153 aa  69.7  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>