More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_1314 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 311 aa  642    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  91 
 
 		 311 aa  593  1e-168  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  50.67 
 
 		 300 aa  321  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  47.2 
 
 		 322 aa  303  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  49.14 
 
 		 289 aa  299  5e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  47.77 
 
 		 289 aa  293  3e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  45.17 
 
 		 285 aa  272  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  45.17 
 
 		 286 aa  271  9e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  45.17 
 
 		 286 aa  269  4e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  44.14 
 
 		 286 aa  266  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  40.2 
 
 		 288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  37.54 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  39.14 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  40.34 
 
 		 288 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  40.34 
 
 		 288 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  37.97 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.78 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.01 
 
 		 275 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.76 
 
 		 286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 273 aa  164  3e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 280 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.97 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  155  7e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  31.01 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 288 aa  155  9e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 277 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 		 277 aa  153  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.03 
 
 		 294 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 315 aa  146  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.95 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 263 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 286 aa  141  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  29.41 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 268 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.18 
 
 		 268 aa  136  5e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.38 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 279 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.45 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  27.42 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29 
 
 		 269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2138  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.33 
 
 		 273 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183476  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 279 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 		 289 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  30.57 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  28.22 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  27.87 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 274 aa  126  5e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  27.87 
 
 		 288 aa  126  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  27.87 
 
 		 288 aa  125  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  27.87 
 
 		 288 aa  125  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 278 aa  125  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  27.87 
 
 		 288 aa  125  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>