124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_0059 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
292 aa  597  1e-169  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  97.6 
 
 
292 aa  586  1e-166  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  61.9 
 
 
245 aa  331  9e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  62.39 
 
 
321 aa  324  1e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  64.47 
 
 
307 aa  318  6e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.4 
 
 
280 aa  316  3e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  53.94 
 
 
259 aa  278  6e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  56.82 
 
 
259 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  56.36 
 
 
259 aa  272  4.0000000000000004e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  49.43 
 
 
270 aa  271  8.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0261  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.35 
 
 
237 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  27.52 
 
 
332 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  27.52 
 
 
332 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  27.52 
 
 
308 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
302 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  26.61 
 
 
332 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  27.23 
 
 
326 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  27.27 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  28.05 
 
 
276 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.81 
 
 
312 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.59 
 
 
302 aa  67  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  27.6 
 
 
298 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  31.14 
 
 
223 aa  59.7  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.11 
 
 
252 aa  58.5  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.06 
 
 
203 aa  58.9  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.17 
 
 
296 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.14 
 
 
1367 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  26.76 
 
 
298 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.62 
 
 
299 aa  57.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.14 
 
 
1367 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  26.5 
 
 
296 aa  56.2  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  27.44 
 
 
1440 aa  55.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  25.64 
 
 
315 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  29.07 
 
 
1421 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 
276 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  27.13 
 
 
315 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  28.48 
 
 
217 aa  52.4  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
315 aa  52.8  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
315 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  24.73 
 
 
315 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.23 
 
 
232 aa  51.2  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  27.7 
 
 
293 aa  51.2  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.49 
 
 
228 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.22 
 
 
304 aa  51.6  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
315 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  25.14 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
240 aa  50.4  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.49 
 
 
228 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0928  hypothetical protein  29.14 
 
 
228 aa  50.4  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.318352 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
595 aa  50.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.53 
 
 
956 aa  49.3  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
239 aa  49.3  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.19 
 
 
769 aa  49.3  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
234 aa  48.9  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  25.67 
 
 
315 aa  48.9  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  22.29 
 
 
228 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  23.75 
 
 
228 aa  48.9  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.63 
 
 
226 aa  48.5  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  25.13 
 
 
299 aa  48.9  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
240 aa  48.9  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.99 
 
 
1397 aa  48.5  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.36 
 
 
1433 aa  47.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  28.41 
 
 
1449 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.16 
 
 
228 aa  47.8  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.89 
 
 
201 aa  47.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 
230 aa  47.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  32.14 
 
 
240 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  28.98 
 
 
1449 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.06 
 
 
205 aa  47.4  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.19 
 
 
233 aa  47  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.05 
 
 
1402 aa  47  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
240 aa  46.6  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.58 
 
 
210 aa  46.6  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.19 
 
 
722 aa  46.2  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.79 
 
 
547 aa  45.8  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.48 
 
 
208 aa  45.8  0.0009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.2 
 
 
223 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  23.95 
 
 
1390 aa  45.4  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.88 
 
 
719 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25 
 
 
226 aa  45.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1400  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.98 
 
 
222 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
214 aa  45.4  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
245 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  23.35 
 
 
870 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.84 
 
 
320 aa  45.1  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.57 
 
 
706 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.27 
 
 
291 aa  44.3  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.44 
 
 
209 aa  45.1  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.39 
 
 
238 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24 
 
 
228 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.1 
 
 
296 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0352  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.48 
 
 
426 aa  44.7  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  26.67 
 
 
551 aa  43.9  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.9 
 
 
1442 aa  43.9  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1514  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  25.39 
 
 
897 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.103927  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1543  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  25.39 
 
 
897 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.959984  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.29 
 
 
944 aa  43.9  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>