More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_40758 on replicon NC_009042
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009042  PICST_40758  ATP-dependent permease  100 
 
 
1197 aa  2450    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  unclonable  0.00433632  normal  0.648895 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03608  ABC transporter protein AtrC [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9Y748]  25.94 
 
 
1266 aa  376  1e-102  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02300  ABC-transporterMultidrug resistance protein MDR ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9Y8G1]  26.09 
 
 
1343 aa  363  1e-98  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.567277  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06237  ABC multidrug transporter (Eurofung)  25.39 
 
 
1377 aa  337  5.999999999999999e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.333572  normal  0.1457 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00404  AtrH [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q2VY21]  25 
 
 
1324 aa  312  2e-83  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.173354 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02349  ATP-binding cassette multidrug transport protein ATRC [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9Y8G2]  24.72 
 
 
1284 aa  309  2.0000000000000002e-82  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.506788  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_48483  ABC(ABCB) family transporter: multidrug (P-glycoprotein-like protein) (ABCB)  25.8 
 
 
1250 aa  308  4.0000000000000004e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09342  ABC multidrug transporter (Eurofung)  25.38 
 
 
1323 aa  297  7e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01030  multidrug resistance protein 1, putative  30.91 
 
 
1706 aa  291  5.0000000000000004e-77  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.540229  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1962  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  24.79 
 
 
1201 aa  238  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072256  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3493  ABC transporter related  25.4 
 
 
1179 aa  234  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3442  cysteine ABC transporter permease/ATP-binding protein  25.23 
 
 
1179 aa  231  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.507362  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4285  ABC transporter related  25.18 
 
 
1179 aa  231  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4081  ABC transporter, transmembrane region, type 1  25.18 
 
 
1179 aa  231  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1486  ABC transporter related  23.84 
 
 
1228 aa  210  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.19 
 
 
582 aa  209  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.19 
 
 
582 aa  209  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.19 
 
 
582 aa  209  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.82 
 
 
583 aa  207  7e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.78 
 
 
582 aa  207  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.78 
 
 
582 aa  207  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.78 
 
 
582 aa  207  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.78 
 
 
582 aa  207  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.78 
 
 
582 aa  207  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  28.12 
 
 
598 aa  206  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.69 
 
 
582 aa  206  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.24 
 
 
583 aa  205  4e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.57 
 
 
582 aa  204  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.14 
 
 
582 aa  203  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  28.91 
 
 
582 aa  204  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5732  transport protein MsbA  27.05 
 
 
603 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66080  transport protein MsbA  27.21 
 
 
603 aa  203  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0185  ABC transporter related  30.33 
 
 
611 aa  200  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.821513  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  28.79 
 
 
601 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4067  ABC transporter related  27.26 
 
 
596 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00142757  normal  0.169154 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.77 
 
 
582 aa  200  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0825  ABC transporter related  28.68 
 
 
575 aa  197  9e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.18 
 
 
582 aa  196  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0008  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  28.6 
 
 
590 aa  196  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  28.06 
 
 
582 aa  195  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.49 
 
 
613 aa  194  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4133  ABC transporter related  27.71 
 
 
614 aa  194  8e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.293166 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4431  ABC transporter related  25.54 
 
 
581 aa  194  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0531  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.64 
 
 
603 aa  192  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.140782 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  26.82 
 
 
582 aa  192  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1780  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.85 
 
 
585 aa  192  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0810264  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1515  ABC transporter related  30.74 
 
 
577 aa  191  5.999999999999999e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.43 
 
 
597 aa  191  5.999999999999999e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.82 
 
 
587 aa  188  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1461  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  25.95 
 
 
605 aa  189  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8971  ABC transporter related protein  29.06 
 
 
623 aa  188  6e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_76772  ATP-binding cassette transporter family member  28.17 
 
 
575 aa  188  6e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.304707  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.18 
 
 
574 aa  187  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1564  ABC transporter related  30.77 
 
 
577 aa  187  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  27.18 
 
 
556 aa  186  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1782  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  27.27 
 
 
588 aa  186  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.18 
 
 
574 aa  186  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1770  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.01 
 
 
607 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0549134  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA07730  multidrug resistance protein 1, putative  25.59 
 
 
1408 aa  186  3e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.12 
 
 
602 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5540  ABC transporter related protein  26.77 
 
 
601 aa  185  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.27279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1469  ABC transporter related protein  26.49 
 
 
586 aa  185  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  28.85 
 
 
592 aa  184  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  27.41 
 
 
594 aa  184  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4935  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  25.95 
 
 
602 aa  184  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.302825  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0481  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  26.28 
 
 
600 aa  184  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  27.47 
 
 
582 aa  184  9.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.2758  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4984  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.12 
 
 
602 aa  184  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  26.97 
 
 
588 aa  184  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1783  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  26.7 
 
 
588 aa  183  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1557  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.95 
 
 
602 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1510  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  25.4 
 
 
628 aa  181  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.639878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4984  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  26.86 
 
 
624 aa  181  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0583  ABC transporter related  26.94 
 
 
583 aa  181  5.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  25.68 
 
 
575 aa  181  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008503  LACR_A02  bacteriocin-processing peptidase  27.43 
 
 
716 aa  181  9e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2802  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  27.48 
 
 
601 aa  180  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0536  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  27.07 
 
 
600 aa  181  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.742929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.5 
 
 
596 aa  180  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000242  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  24.8 
 
 
586 aa  180  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.52 
 
 
587 aa  181  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  26.59 
 
 
579 aa  181  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  28.38 
 
 
604 aa  181  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0617  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.68 
 
 
609 aa  179  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1429  ABC transporter related  27.76 
 
 
581 aa  179  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  28.46 
 
 
581 aa  179  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0768  ABC transporter related  28.68 
 
 
610 aa  179  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0048  ABC transporter related  28.6 
 
 
598 aa  179  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000163685  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  25.66 
 
 
579 aa  178  6e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06023  ABC efflux transporter permease/ATP-binding protein  23.92 
 
 
586 aa  177  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16330  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  26.22 
 
 
622 aa  177  7e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.867591  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  27.56 
 
 
601 aa  177  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>