260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATR_3578 on replicon NC_011679
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011679  PHATR_3578  predicted protein  100 
 
 
293 aa  612  9.999999999999999e-175  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00298023  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN00820  pseudouridylate synthase, putative  30.35 
 
 
560 aa  143  3e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_2261  predicted protein  33.68 
 
 
308 aa  139  6e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0533555  normal  0.774581 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58964  predicted protein  28.57 
 
 
476 aa  133  3e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  28.62 
 
 
267 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  28.62 
 
 
267 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  26.21 
 
 
258 aa  86.7  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  27.21 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06165  tRNA pseudouridine synthase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08460)  34.01 
 
 
574 aa  80.9  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.306562 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  26.04 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  25.77 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  26.22 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  26.22 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  26.22 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  26.22 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  26.86 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  27.93 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  26.22 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1064  tRNA pseudouridine synthase A  23.88 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000223537  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  24.48 
 
 
247 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  24.48 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  26.37 
 
 
256 aa  72  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  24.4 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1416  tRNA pseudouridine synthase A  24.47 
 
 
246 aa  72  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  24.74 
 
 
252 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  26.78 
 
 
294 aa  70.9  0.00000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1544  tRNA pseudouridine synthase A  27.61 
 
 
272 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14908  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  25.09 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  26.83 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  23.18 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  24.21 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  23.78 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2322  tRNA pseudouridine synthase A  27.61 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  26.85 
 
 
263 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  28.28 
 
 
286 aa  67.8  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  24.83 
 
 
248 aa  67  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2269  tRNA-pseudouridine synthase I  28.14 
 
 
265 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.584541  normal  0.109156 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  28.91 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  24.29 
 
 
276 aa  66.2  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  24.56 
 
 
246 aa  66.2  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  28.72 
 
 
251 aa  66.2  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  24.83 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  27.7 
 
 
246 aa  65.9  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  21.63 
 
 
248 aa  65.5  0.0000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  28.37 
 
 
251 aa  65.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  24.73 
 
 
244 aa  65.5  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  28.37 
 
 
251 aa  65.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  25 
 
 
270 aa  65.5  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  21.8 
 
 
258 aa  64.7  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  25.68 
 
 
246 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  24.65 
 
 
245 aa  63.5  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  23.51 
 
 
248 aa  63.2  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  21.6 
 
 
246 aa  63.2  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  24.22 
 
 
244 aa  62.8  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2410  tRNA pseudouridine synthase A  26.6 
 
 
272 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.293969  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  26.61 
 
 
260 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  25.35 
 
 
245 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 
282 aa  62  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  23.76 
 
 
276 aa  62.4  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  26.3 
 
 
249 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  24.57 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  24.23 
 
 
278 aa  62  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  23.13 
 
 
245 aa  61.6  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  24.3 
 
 
306 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  26.69 
 
 
274 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  23.53 
 
 
250 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  26.8 
 
 
245 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  27.18 
 
 
244 aa  59.7  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  26.96 
 
 
284 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 
259 aa  59.3  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  26.37 
 
 
288 aa  59.3  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  25.69 
 
 
279 aa  58.9  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  26.84 
 
 
294 aa  58.9  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  25.43 
 
 
265 aa  58.9  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  22.89 
 
 
244 aa  58.9  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  27.43 
 
 
264 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  26.94 
 
 
261 aa  58.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  25.95 
 
 
274 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 
244 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  23.37 
 
 
264 aa  58.2  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  25.78 
 
 
269 aa  57.4  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  27.43 
 
 
245 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  24.57 
 
 
261 aa  57  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  24.13 
 
 
253 aa  57.4  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  27.65 
 
 
245 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  24.4 
 
 
245 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  23.13 
 
 
281 aa  57.4  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  26.8 
 
 
296 aa  56.6  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  25.85 
 
 
252 aa  57  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  23.37 
 
 
247 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  26.49 
 
 
295 aa  56.6  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  24.65 
 
 
255 aa  56.6  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  25.52 
 
 
300 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0289108 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03170  pseudouridylate synthase 3 (AFU_orthologue; AFUA_3G13350)  25.1 
 
 
664 aa  56.6  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  24.56 
 
 
271 aa  56.6  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  24.4 
 
 
250 aa  56.6  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 
248 aa  56.2  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  23.4 
 
 
243 aa  55.8  0.0000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  25.96 
 
 
243 aa  55.8  0.0000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  22.92 
 
 
243 aa  55.8  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>