More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATR_28331 on replicon NC_011679
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011679  PHATR_28331  predicted protein  100 
 
 		 321 aa  664    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  40.81 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  40.07 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.18 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.97 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_4127  predicted protein  38.87 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0511139  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.19 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.46 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  38.75 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.4 
 
 		 331 aa  163  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.69 
 
 		 333 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.75 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.01 
 
 		 357 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0271  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.69 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.38 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.11 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.24 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.38 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.11 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.89 
 
 		 436 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.11 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.11 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.11 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.89 
 
 		 442 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.75 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.19 
 
 		 345 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.07 
 
 		 344 aa  159  9e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.62 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.4 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  37.87 
 
 		 376 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_4136  predicted protein  38.93 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.410794  normal  0.837548 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.32 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.59 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.51 
 
 		 331 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.64 
 
 		 365 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.64 
 
 		 365 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.4 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.49 
 
 		 345 aa  155  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  36.9 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.82 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.06 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  36.9 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.83 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.4 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.13 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1989  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.59 
 
 		 351 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.931204  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.9 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.13 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.79 
 
 		 337 aa  152  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.52 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.5 
 
 		 335 aa  152  8e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.53 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.13 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.4 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.21 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3621  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.59 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00174952  normal  0.0743499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.43 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  35.42 
 
 		 335 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.16 
 
 		 329 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.5 
 
 		 347 aa  149  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2153  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.31 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.53 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  32.6 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0438823  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.08 
 
 		 328 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.8 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.96 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.42 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.15 
 
 		 340 aa  149  9e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.03 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.27 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  33.81 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  33.33 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0765637  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.77 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0795  tRNA-dihydrouridine synthase A  32.62 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0789  tRNA-dihydrouridine synthase A  32.85 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.683561 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  30.82 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0398323  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.79 
 
 		 327 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.69 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.56 
 
 		 326 aa  145  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  37.09 
 
 		 337 aa  145  6e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1943  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.29 
 
 		 331 aa  145  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.42 
 
 		 331 aa  145  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.69 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0014  tRNA-dihydrouridine synthase A  31.5 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  32.87 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  35.66 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.8 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  34.43 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.71 
 
 		 340 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  36.23 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  38.71 
 
 		 340 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>