125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATR_13402 on replicon NC_011679
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011679  PHATR_13402  predicted protein  100 
 
 
117 aa  244  4e-64  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03953  RNP domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08040)  45.79 
 
 
353 aa  100  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.748027  normal  0.180065 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10530  predicted protein  46.15 
 
 
103 aa  99.8  1e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_13471  RNA-binding protein  37.04 
 
 
165 aa  85.9  2e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0775963 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01030  conserved hypothetical protein  39.81 
 
 
254 aa  73.9  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.584283  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10164  nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein pub1 (AFU_orthologue; AFUA_1G12000)  40.66 
 
 
477 aa  70.1  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09090  Putative RNA binding proteinPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ARJ0]  33.66 
 
 
393 aa  63.2  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.461764  normal  0.414423 
 
 
-
 
NC_006686  CND05240  mRNA catabolism, nonsense-mediated-related protein, putative  36.9 
 
 
434 aa  60.5  0.000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115659  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55837  predicted protein  38.75 
 
 
453 aa  59.3  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.876442  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62299  predicted protein  31.33 
 
 
446 aa  55.8  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66642  negative growth regulatory protein  31.17 
 
 
690 aa  54.3  0.0000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  32.5 
 
 
82 aa  52.8  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 
125 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8451  predicted protein  35.06 
 
 
76 aa  51.6  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0309329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
149 aa  50.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
155 aa  50.8  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  36 
 
 
88 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  27.91 
 
 
90 aa  50.4  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84754  predicted protein  34.12 
 
 
246 aa  49.7  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0482  HIT family protein  36.67 
 
 
65 aa  49.7  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.417177  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  34.72 
 
 
157 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  34.21 
 
 
88 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  33.33 
 
 
182 aa  49.3  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  29.67 
 
 
92 aa  48.9  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  27.91 
 
 
90 aa  48.9  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_51283  predicted protein  35.79 
 
 
328 aa  49.3  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06501  splicing factor 3b subunit 4 (AFU_orthologue; AFUA_6G05180)  37.21 
 
 
352 aa  48.5  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.415075 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04610  conserved hypothetical protein  31.18 
 
 
304 aa  48.5  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38809  predicted protein  30.85 
 
 
319 aa  48.5  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000594517  normal 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_23959  predicted protein  32.39 
 
 
605 aa  48.5  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  33.77 
 
 
134 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  34.72 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  30.26 
 
 
101 aa  47.4  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04330  ribosome biogenesis (Nop4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06250)  26.67 
 
 
724 aa  47.4  0.00007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  33.78 
 
 
105 aa  47.4  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.644837 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  32.47 
 
 
132 aa  47.4  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  34.88 
 
 
97 aa  46.6  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  32.47 
 
 
176 aa  46.6  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
102 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  34.72 
 
 
162 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
102 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0508  nicotinate phosphoribosyltransferase  35 
 
 
65 aa  46.6  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  30.86 
 
 
98 aa  46.2  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04000  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein)(PABP)(Polyadenylate tail-binding protein) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B630]  30.23 
 
 
732 aa  46.2  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.175791 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  36.76 
 
 
103 aa  46.2  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  32.1 
 
 
103 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
181 aa  45.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  29.87 
 
 
104 aa  46.2  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  31.65 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  30.59 
 
 
116 aa  45.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  34.72 
 
 
175 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  30.43 
 
 
114 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  27.16 
 
 
90 aa  46.2  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  26.92 
 
 
90 aa  46.2  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  31.76 
 
 
102 aa  45.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  32.86 
 
 
176 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  26.14 
 
 
89 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  31.4 
 
 
87 aa  45.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  29.87 
 
 
137 aa  45.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00130  polyadenylation factor 64 kDa subunit, putative  30.49 
 
 
455 aa  44.7  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.232022  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  33.8 
 
 
119 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  29.63 
 
 
87 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  31.17 
 
 
103 aa  44.7  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33658  predicted protein  30.77 
 
 
380 aa  44.7  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.216905  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  28.89 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  28.57 
 
 
89 aa  44.7  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  26.83 
 
 
122 aa  44.3  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  29.87 
 
 
148 aa  44.7  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  29.87 
 
 
150 aa  44.7  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  31.94 
 
 
152 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  25.58 
 
 
90 aa  44.3  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_7602  predicted protein  35.38 
 
 
161 aa  43.9  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_50098  predicted protein  32.88 
 
 
572 aa  43.9  0.0008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.442075  normal  0.11137 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  31.58 
 
 
241 aa  43.5  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  35.29 
 
 
102 aa  43.5  0.0009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  32.43 
 
 
81 aa  43.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  27.63 
 
 
90 aa  43.5  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90501  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein) (PABP) (ARS consensus binding protein ACBP-67) (Polyadenylate tail-binding protein)  28.24 
 
 
632 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.528167  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  29.35 
 
 
94 aa  43.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
115 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  24.49 
 
 
156 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49481  predicted protein  24.72 
 
 
1068 aa  43.1  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI01160  polyadenylate-binding protein, putative  28.75 
 
 
673 aa  42.4  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  26.32 
 
 
114 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  30 
 
 
82 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  29.21 
 
 
89 aa  42.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  31.76 
 
 
85 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1139  RNA binding protein  32.22 
 
 
129 aa  42.7  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000522116  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  29.73 
 
 
112 aa  42  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1009  glycine-rich RNA binding protein  32.22 
 
 
128 aa  42.7  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000973374  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  29.73 
 
 
107 aa  42  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42828  predicted protein  29.73 
 
 
499 aa  42.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32836  predicted protein  26.53 
 
 
300 aa  42.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20857  predicted protein  27.4 
 
 
687 aa  42.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  34.18 
 
 
88 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10941  heterogeneous nuclear ribonucleoprotein HRP1 (AFU_orthologue; AFUA_2G06090)  26.6 
 
 
559 aa  42  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.210274  normal  0.500661 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  29.49 
 
 
128 aa  42  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3300  RNA-binding region RNP-1  21.79 
 
 
166 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.181276  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  26.74 
 
 
90 aa  41.6  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  34.29 
 
 
123 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>