More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATR_13294 on replicon NC_011679
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011679  PHATR_13294  predicted protein  100 
 
 		 193 aa  396  1e-109  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.51036  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.86 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  38.64 
 
 		 217 aa  109  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  38.98 
 
 		 215 aa  108  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  39.77 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.78 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 223 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  35.26 
 
 		 223 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  35.26 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  35.26 
 
 		 223 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  37.64 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 223 aa  104  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  36.22 
 
 		 223 aa  104  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 223 aa  104  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  36.78 
 
 		 217 aa  104  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 223 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  38.37 
 
 		 226 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.71 
 
 		 217 aa  102  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  37.21 
 
 		 225 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  34.21 
 
 		 223 aa  102  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  39.11 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.75 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.31 
 
 		 311 aa  101  6e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 		 311 aa  101  6e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  38.01 
 
 		 217 aa  101  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.6 
 
 		 221 aa  101  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  38.37 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 256 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  38.98 
 
 		 567 aa  99.8  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.92 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 233 aa  97.8  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 211 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  38.6 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 214 aa  96.7  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.6 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  33.53 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.26 
 
 		 306 aa  96.7  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.2 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.6 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  37.36 
 
 		 211 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  37.36 
 
 		 211 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.52 
 
 		 225 aa  95.9  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  35.47 
 
 		 218 aa  95.5  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 239 aa  95.5  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  37.14 
 
 		 226 aa  95.5  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  95.1  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 217 aa  95.1  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  36.57 
 
 		 211 aa  94.7  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 211 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  39.77 
 
 		 219 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.51 
 
 		 211 aa  94.4  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.57 
 
 		 211 aa  94.4  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  39.18 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 227 aa  94  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.42 
 
 		 211 aa  94  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  39.18 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 225 aa  94  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  36.05 
 
 		 225 aa  93.2  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  37.36 
 
 		 225 aa  92.8  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  37.71 
 
 		 211 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 219 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  35.03 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  38.51 
 
 		 217 aa  92.4  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  37.16 
 
 		 578 aa  92.4  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  36 
 
 		 225 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  37.71 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  36 
 
 		 225 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  36 
 
 		 225 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  36.36 
 
 		 225 aa  92  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  36 
 
 		 225 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.09 
 
 		 296 aa  92  5e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  37.87 
 
 		 341 aa  91.7  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  35.47 
 
 		 300 aa  91.7  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 222 aa  91.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.9 
 
 		 330 aa  91.3  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  36.26 
 
 		 217 aa  91.3  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  38.42 
 
 		 325 aa  91.3  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.42 
 
 		 217 aa  90.9  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 226 aa  91.3  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 339 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 250 aa  90.5  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.1 
 
 		 306 aa  90.9  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 244 aa  90.5  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  36.63 
 
 		 225 aa  90.5  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 234 aa  90.9  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>