199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATR_10585 on replicon NC_011671
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  100 
 
 
337 aa  699    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  34.55 
 
 
944 aa  203  3e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  36.07 
 
 
803 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  37.21 
 
 
651 aa  194  1e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  37.43 
 
 
664 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  32.81 
 
 
816 aa  181  2e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  33.33 
 
 
719 aa  180  2.9999999999999997e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  34.57 
 
 
932 aa  173  5e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 
603 aa  171  1e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  33.53 
 
 
601 aa  170  3e-41  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  33.53 
 
 
598 aa  167  2e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  36.29 
 
 
584 aa  165  8e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.76 
 
 
590 aa  162  1e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  35.45 
 
 
584 aa  159  6e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.68 
 
 
601 aa  158  1e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  33.91 
 
 
584 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  34.88 
 
 
583 aa  153  5e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.29 
 
 
588 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  31.76 
 
 
549 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.6 
 
 
582 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.38 
 
 
583 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.95 
 
 
550 aa  124  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.18 
 
 
556 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  28.66 
 
 
546 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.24 
 
 
548 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  28.74 
 
 
568 aa  104  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.84 
 
 
594 aa  103  6e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.36 
 
 
547 aa  103  6e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.47 
 
 
531 aa  98.6  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.67 
 
 
553 aa  97.8  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.73 
 
 
552 aa  96.3  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  28.74 
 
 
1009 aa  93.6  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  29.67 
 
 
513 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.19 
 
 
567 aa  94  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.49 
 
 
539 aa  93.6  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  28.74 
 
 
519 aa  93.2  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  28.49 
 
 
513 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  28.49 
 
 
513 aa  89.4  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  28.44 
 
 
527 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.04 
 
 
562 aa  88.2  2e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.55 
 
 
592 aa  87.4  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.65 
 
 
1017 aa  86.7  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.84 
 
 
610 aa  86.7  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.27 
 
 
509 aa  85.9  9e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  26.65 
 
 
507 aa  81.6  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  26.3 
 
 
520 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  25.6 
 
 
508 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  26.3 
 
 
520 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  26.3 
 
 
520 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  28.09 
 
 
530 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.93 
 
 
576 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  26.69 
 
 
530 aa  77.8  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  27.91 
 
 
563 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  25.9 
 
 
509 aa  76.3  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  25.86 
 
 
533 aa  76.3  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.53 
 
 
522 aa  76.3  0.0000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  25.68 
 
 
512 aa  75.5  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.51 
 
 
506 aa  73.9  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.4 
 
 
510 aa  74.3  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  25.97 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  29.14 
 
 
566 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.2 
 
 
592 aa  72.8  0.000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  28.08 
 
 
532 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  24.93 
 
 
507 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  28.02 
 
 
532 aa  70.1  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  28.01 
 
 
542 aa  70.1  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  23.58 
 
 
573 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  29.67 
 
 
550 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  29.08 
 
 
552 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  26.57 
 
 
558 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  27.08 
 
 
503 aa  67  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.04 
 
 
797 aa  67  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  27.14 
 
 
561 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  26.39 
 
 
307 aa  67  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  25.9 
 
 
533 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.51 
 
 
573 aa  67  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  27.22 
 
 
552 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  24.57 
 
 
546 aa  65.9  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  28.72 
 
 
562 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  26.27 
 
 
533 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  26.9 
 
 
554 aa  65.5  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  28.07 
 
 
559 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  28.31 
 
 
514 aa  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  25.47 
 
 
517 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.71 
 
 
573 aa  64.7  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  24.85 
 
 
534 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  26.91 
 
 
552 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  27.89 
 
 
551 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  24.1 
 
 
546 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  27.81 
 
 
559 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  24.13 
 
 
546 aa  64.3  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.11 
 
 
495 aa  64.3  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  25.9 
 
 
532 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  29.13 
 
 
539 aa  63.5  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  25.08 
 
 
358 aa  63.5  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  26.89 
 
 
558 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  27.78 
 
 
847 aa  63.2  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  26.48 
 
 
861 aa  62.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  25.69 
 
 
576 aa  62.4  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  27.54 
 
 
522 aa  62.4  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>