More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_4048 on replicon NC_011692
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  41.23 
 
 		 307 aa  179  2e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.278 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  37.89 
 
 		 563 aa  158  7e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  38.91 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  37.61 
 
 		 415 aa  151  7e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  35.29 
 
 		 610 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  34.2 
 
 		 369 aa  136  3.0000000000000003e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  34.2 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 		 324 aa  114  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  32.47 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  33.33 
 
 		 325 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  34.35 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 		 325 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.62 
 
 		 325 aa  112  5e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.77 
 
 		 324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.47 
 
 		 319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.48 
 
 		 315 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  32.9 
 
 		 378 aa  108  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 		 347 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.48 
 
 		 338 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.74 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.03 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.02 
 
 		 357 aa  105  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.03 
 
 		 321 aa  105  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  34.2 
 
 		 322 aa  105  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.9 
 
 		 354 aa  105  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.17 
 
 		 330 aa  104  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.17 
 
 		 358 aa  104  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.05 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.76 
 
 		 326 aa  101  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  31.84 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.9 
 
 		 347 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.76 
 
 		 347 aa  100  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.62 
 
 		 333 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.48 
 
 		 335 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.05 
 
 		 346 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.62 
 
 		 327 aa  101  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  33.76 
 
 		 334 aa  101  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  31.36 
 
 		 337 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  32.9 
 
 		 329 aa  99.8  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.3 
 
 		 321 aa  99.4  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.61 
 
 		 350 aa  99.8  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.9 
 
 		 320 aa  99.4  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  29.31 
 
 		 318 aa  99.4  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.03 
 
 		 323 aa  99.4  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.19 
 
 		 318 aa  99  5e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.48 
 
 		 351 aa  99  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  33.05 
 
 		 231 aa  98.6  7e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.49 
 
 		 362 aa  98.6  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  32.03 
 
 		 324 aa  98.2  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  31.49 
 
 		 326 aa  98.2  9e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  31.49 
 
 		 326 aa  98.2  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  31.47 
 
 		 332 aa  97.8  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.47 
 
 		 351 aa  97.8  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  32.91 
 
 		 328 aa  97.8  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.47 
 
 		 335 aa  97.1  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 400 aa  97.4  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  30.87 
 
 		 342 aa  97.1  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.9 
 
 		 333 aa  97.1  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  31.33 
 
 		 333 aa  97.1  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  30.51 
 
 		 322 aa  97.1  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  33.91 
 
 		 327 aa  96.3  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.48 
 
 		 356 aa  96.3  4e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.04 
 
 		 348 aa  95.9  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.61 
 
 		 335 aa  96.3  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.57 
 
 		 320 aa  95.9  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  31.2 
 
 		 319 aa  95.9  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  31.14 
 
 		 301 aa  95.9  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.65 
 
 		 356 aa  95.5  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.47 
 
 		 335 aa  95.1  8e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  30.93 
 
 		 332 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.2 
 
 		 419 aa  94.7  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.03 
 
 		 347 aa  94.7  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.77 
 
 		 380 aa  94.7  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  33.05 
 
 		 337 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  32.13 
 
 		 332 aa  94.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  30.93 
 
 		 332 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  28.76 
 
 		 333 aa  94  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  33.47 
 
 		 351 aa  94  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.91 
 
 		 321 aa  93.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 332 aa  93.6  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  32.62 
 
 		 337 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  29.31 
 
 		 325 aa  93.2  3e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.05 
 
 		 321 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02240  conserved hypothetical protein  34.46 
 
 		 407 aa  93.2  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.12016  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.05 
 
 		 321 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  30.9 
 
 		 349 aa  93.2  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.34 
 
 		 333 aa  93.2  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.94 
 
 		 352 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  29.66 
 
 		 388 aa  92.8  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  32.62 
 
 		 337 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.05 
 
 		 355 aa  92.8  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.33 
 
 		 336 aa  92.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  30.9 
 
 		 354 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.21 
 
 		 363 aa  92.4  5e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.33 
 
 		 336 aa  92.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.2 
 
 		 337 aa  92  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  32.62 
 
 		 337 aa  92  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 		 333 aa  91.7  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>