More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_23375 on replicon NC_011691
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  100 
 
 
323 aa  674    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  34.6 
 
 
415 aa  149  7e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  36.4 
 
 
233 aa  144  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  30.09 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  29.19 
 
 
369 aa  110  3e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  33.33 
 
 
563 aa  110  5e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  29.57 
 
 
610 aa  98.6  1e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.8 
 
 
306 aa  94.4  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 
325 aa  92  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  29.39 
 
 
229 aa  91.7  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.68 
 
 
330 aa  91.3  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  29.39 
 
 
229 aa  91.7  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.74 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  31.63 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  26.64 
 
 
341 aa  88.6  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.66 
 
 
308 aa  88.6  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.09 
 
 
305 aa  87.8  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  26.24 
 
 
307 aa  87.8  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02240  conserved hypothetical protein  30.88 
 
 
407 aa  87  4e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.12016  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.18 
 
 
327 aa  86.7  5e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.09 
 
 
308 aa  85.9  8e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.63 
 
 
308 aa  85.9  8e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.78 
 
 
352 aa  85.9  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.05 
 
 
335 aa  85.5  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.53 
 
 
345 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86671  predicted protein  29.53 
 
 
345 aa  85.5  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.658611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  26.49 
 
 
310 aa  84.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  26.55 
 
 
325 aa  84.3  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.73 
 
 
332 aa  84  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.67 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.04 
 
 
333 aa  83.2  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  26.32 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.14 
 
 
347 aa  83.2  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  28.69 
 
 
231 aa  83.2  0.000000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  27.65 
 
 
328 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  28.74 
 
 
333 aa  82.4  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.42 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.83 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  26.23 
 
 
324 aa  82  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  23.91 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  29.39 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.32 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72127  predicted protein  25.44 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585913  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  26.79 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.63 
 
 
354 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.83 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.02 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  25.77 
 
 
326 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  25.77 
 
 
326 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  27.42 
 
 
346 aa  79.7  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  28.11 
 
 
325 aa  79.3  0.00000000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  27.53 
 
 
356 aa  79.3  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  28.85 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.4 
 
 
331 aa  79.3  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  26.12 
 
 
310 aa  79  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  25.31 
 
 
329 aa  79  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.31 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.69 
 
 
329 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.86 
 
 
352 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  26.27 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  30.17 
 
 
337 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.37 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  27.42 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.49 
 
 
311 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.83 
 
 
334 aa  77.8  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.32 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  28.06 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.09 
 
 
329 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  26.53 
 
 
332 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  26.02 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  24.12 
 
 
318 aa  77  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  24.31 
 
 
295 aa  76.6  0.0000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.15 
 
 
356 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.02 
 
 
356 aa  76.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  26.51 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  27.31 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  28.98 
 
 
325 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  26.48 
 
 
312 aa  75.9  0.0000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  29.39 
 
 
384 aa  75.9  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  25.43 
 
 
343 aa  75.9  0.0000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.43 
 
 
343 aa  75.9  0.0000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  27.71 
 
 
362 aa  75.9  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  25.29 
 
 
324 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.61 
 
 
353 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  25.09 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  25.16 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  26.42 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  27.24 
 
 
322 aa  75.1  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  29.39 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  26.21 
 
 
347 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  25.88 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  26.61 
 
 
353 aa  74.3  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  28.34 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.15 
 
 
381 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  27.71 
 
 
319 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  27.13 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  28.05 
 
 
333 aa  73.9  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  27.12 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02967  tRNA dihydrouridine synthase (Smm1), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08390)  27.09 
 
 
437 aa  73.9  0.000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0155731  normal  0.608816 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  27.84 
 
 
356 aa  73.6  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>