More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_21592 on replicon NC_011681
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
481 aa  993    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  58.14 
 
 
471 aa  479  1e-134  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1995  diaminopimelate decarboxylase  38.43 
 
 
439 aa  276  8e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000281435  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0219  diaminopimelate decarboxylase  37.59 
 
 
439 aa  259  7e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279526  hitchhiker  6.0222499999999995e-21 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3033  Diaminopimelate decarboxylase  36.51 
 
 
439 aa  256  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  35.08 
 
 
410 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  34.45 
 
 
410 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  35.41 
 
 
412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  34.12 
 
 
410 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  35.22 
 
 
417 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 
412 aa  210  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  35.56 
 
 
412 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 
412 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 
412 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  35.17 
 
 
412 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  33.56 
 
 
413 aa  204  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  32.89 
 
 
420 aa  203  7e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  32.89 
 
 
420 aa  203  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 
412 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
420 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  33.8 
 
 
420 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  34.83 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  34.2 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  34.83 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  34.6 
 
 
420 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  33.8 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  34.6 
 
 
420 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 
420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  34.6 
 
 
420 aa  197  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 
420 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 
420 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 
416 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 
420 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  35.89 
 
 
420 aa  196  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  32.7 
 
 
420 aa  196  9e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  34.6 
 
 
420 aa  195  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  35.66 
 
 
420 aa  194  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  35.42 
 
 
420 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 
420 aa  190  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 
431 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 
415 aa  187  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  32.79 
 
 
416 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
414 aa  178  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  29.29 
 
 
424 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  29.88 
 
 
409 aa  171  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 
406 aa  171  4e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 
407 aa  167  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  30.57 
 
 
410 aa  167  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 
406 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 
398 aa  163  8.000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  30.8 
 
 
453 aa  156  7e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  31.22 
 
 
421 aa  153  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  28.71 
 
 
416 aa  152  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  29.85 
 
 
421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  30.63 
 
 
420 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  27.99 
 
 
425 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  29.66 
 
 
445 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 
394 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.38 
 
 
416 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1053  diaminopimelate decarboxylase  30.32 
 
 
458 aa  133  7.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.861814  normal  0.885214 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  30.35 
 
 
420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  31.25 
 
 
418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  29.22 
 
 
418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  29.51 
 
 
414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 
386 aa  131  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  31.96 
 
 
412 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  31.93 
 
 
403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
419 aa  130  7.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  27.09 
 
 
466 aa  129  8.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  29.21 
 
 
435 aa  130  8.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  30.54 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  29.72 
 
 
407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  29.76 
 
 
384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 
423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  30.99 
 
 
431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  31.35 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  31.71 
 
 
432 aa  127  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
431 aa  127  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0013  diaminopimelate decarboxylase  27.85 
 
 
443 aa  127  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.204017  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  28.37 
 
 
402 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  29.71 
 
 
419 aa  126  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0798  diaminopimelate decarboxylase  30.37 
 
 
393 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  27.59 
 
 
386 aa  125  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  29.79 
 
 
415 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  28.37 
 
 
402 aa  125  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
419 aa  125  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
419 aa  125  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  29.25 
 
 
437 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 
414 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 
416 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  30.23 
 
 
415 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  31.09 
 
 
420 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  30.93 
 
 
415 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  29.17 
 
 
414 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  30.47 
 
 
415 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 
414 aa  123  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  30.23 
 
 
415 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>