More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_20893 on replicon NC_011678
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  100 
 
 
331 aa  678    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.46 
 
 
501 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.18 
 
 
466 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  36.59 
 
 
293 aa  165  9e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  38.43 
 
 
508 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.43 
 
 
489 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  38.4 
 
 
690 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 
247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  37.45 
 
 
466 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.67 
 
 
704 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  36.7 
 
 
296 aa  160  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  37.26 
 
 
576 aa  159  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.33 
 
 
620 aa  159  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  35.79 
 
 
689 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.19 
 
 
598 aa  156  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  34.46 
 
 
736 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  38.8 
 
 
264 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.6 
 
 
576 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.77 
 
 
327 aa  155  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.82 
 
 
598 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  35.17 
 
 
698 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  36.03 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  34.8 
 
 
680 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  36.12 
 
 
743 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  34.33 
 
 
499 aa  149  9e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  35.74 
 
 
676 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  35.74 
 
 
687 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  34.48 
 
 
422 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  32.97 
 
 
674 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.97 
 
 
669 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  35.36 
 
 
576 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.74 
 
 
457 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.92 
 
 
609 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  36.5 
 
 
795 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  35.74 
 
 
372 aa  145  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  32.99 
 
 
577 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.84 
 
 
528 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  33.98 
 
 
286 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  35.36 
 
 
322 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  36.43 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  35.29 
 
 
784 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.71 
 
 
601 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.94 
 
 
686 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.82 
 
 
340 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  35.22 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  34.2 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  36.82 
 
 
736 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  34.55 
 
 
294 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  35.37 
 
 
289 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  34.15 
 
 
294 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.25 
 
 
344 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  33.6 
 
 
288 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.25 
 
 
344 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  34.41 
 
 
293 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  34.01 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.74 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.07 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.33 
 
 
301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  32.18 
 
 
291 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  32.18 
 
 
291 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  32.18 
 
 
291 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  32.52 
 
 
290 aa  119  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  33.33 
 
 
290 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.6 
 
 
299 aa  119  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 
544 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.18 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.82 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  32.18 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  31.8 
 
 
295 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.81 
 
 
289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.6 
 
 
615 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.51 
 
 
291 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 
447 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.84 
 
 
268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  32.95 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  33.87 
 
 
435 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.95 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  34.02 
 
 
527 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  32.05 
 
 
291 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  32.05 
 
 
291 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.05 
 
 
291 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  32.05 
 
 
291 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.17 
 
 
290 aa  114  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.05 
 
 
291 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.05 
 
 
291 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.45 
 
 
291 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.17 
 
 
290 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.05 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.05 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  31.78 
 
 
291 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  31.78 
 
 
291 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  31.78 
 
 
291 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  31.78 
 
 
291 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  31.78 
 
 
291 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  34.43 
 
 
520 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.2 
 
 
631 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  34.02 
 
 
467 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.3 
 
 
258 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  33.59 
 
 
466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  33.19 
 
 
317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>