More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_13664 on replicon NC_011680
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011680  PHATRDRAFT_13664  predicted protein  100 
 
 
545 aa  1135    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_86070  predicted protein  42.67 
 
 
608 aa  459  9.999999999999999e-129  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00050  tRNA dihydrouridine synthase, putative  37.7 
 
 
725 aa  393  1e-108  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_1214  predicted protein  50.14 
 
 
361 aa  382  1e-105  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83606  dihydrouridine synthase of tRNA  38.7 
 
 
613 aa  362  1e-98  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.85826  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00818  tRNA-dihydrouridine synthase 3 (EC 1.-.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BF62]  36.07 
 
 
714 aa  339  5.9999999999999996e-92  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_4121  predicted protein  34.92 
 
 
287 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.381062 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30.93 
 
 
331 aa  147  7.0000000000000006e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  32.4 
 
 
320 aa  145  1e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  32 
 
 
329 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.73 
 
 
318 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.65 
 
 
328 aa  140  7e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.25 
 
 
333 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.05 
 
 
333 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.09 
 
 
351 aa  137  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.03 
 
 
306 aa  137  5e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.35 
 
 
305 aa  136  8e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.37 
 
 
352 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 
337 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.35 
 
 
308 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.33 
 
 
351 aa  134  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.45 
 
 
332 aa  134  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.97 
 
 
327 aa  134  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.76 
 
 
308 aa  133  9e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  30.07 
 
 
329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  31.78 
 
 
332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  30.67 
 
 
325 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  27.78 
 
 
326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  33.2 
 
 
348 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.45 
 
 
328 aa  131  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.33 
 
 
325 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  32.22 
 
 
318 aa  131  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  29.83 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.83 
 
 
324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.14 
 
 
308 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.25 
 
 
332 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  27.7 
 
 
342 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  28.52 
 
 
335 aa  130  8.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  32.07 
 
 
337 aa  130  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  29.83 
 
 
332 aa  130  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.67 
 
 
332 aa  130  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  29.83 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  29.83 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  29.83 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  30.67 
 
 
347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  29.17 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  29.83 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  32.74 
 
 
305 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.91 
 
 
317 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30.91 
 
 
317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.22 
 
 
346 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  31.28 
 
 
324 aa  128  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 
325 aa  128  3e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  31.16 
 
 
342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.12 
 
 
329 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.87 
 
 
330 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  30.93 
 
 
349 aa  127  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 
341 aa  127  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.63 
 
 
321 aa  127  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  28.63 
 
 
333 aa  127  7e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 
324 aa  126  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 
324 aa  126  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  28.99 
 
 
332 aa  126  9e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.58 
 
 
398 aa  126  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  28.15 
 
 
326 aa  126  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  28.15 
 
 
326 aa  126  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  31.65 
 
 
352 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.4 
 
 
330 aa  125  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.58 
 
 
327 aa  125  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.15 
 
 
346 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  31.67 
 
 
336 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.54 
 
 
348 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.83 
 
 
393 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.43 
 
 
338 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  30.13 
 
 
341 aa  124  4e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.54 
 
 
348 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  28.15 
 
 
353 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.36 
 
 
321 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.33 
 
 
332 aa  124  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  28.23 
 
 
347 aa  124  5e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  30.14 
 
 
333 aa  123  7e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  30.36 
 
 
354 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  29.34 
 
 
325 aa  123  9.999999999999999e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.25 
 
 
322 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  31.22 
 
 
317 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.91 
 
 
315 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.8 
 
 
333 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  28.08 
 
 
333 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  30.82 
 
 
307 aa  123  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.07 
 
 
333 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  27.24 
 
 
322 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.73 
 
 
329 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.67 
 
 
351 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.51 
 
 
362 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.18 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  30.98 
 
 
307 aa  120  4.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  29.11 
 
 
332 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.97 
 
 
347 aa  120  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  31.51 
 
 
336 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.27 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>