More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_12940 on replicon NC_011677
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  100 
 
 		 200 aa  416  1e-116  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 319 aa  126  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  37.5 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 268 aa  124  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  35.41 
 
 		 241 aa  124  9e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  37.62 
 
 		 234 aa  124  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  38.81 
 
 		 268 aa  122  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  35.71 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  36.19 
 
 		 256 aa  121  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  35.1 
 
 		 250 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 244 aa  120  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  35.57 
 
 		 258 aa  117  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  35.89 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  33.82 
 
 		 225 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  37.25 
 
 		 275 aa  116  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  35.58 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 285 aa  115  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  36.79 
 
 		 258 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  36.59 
 
 		 298 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  36.59 
 
 		 278 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  37.38 
 
 		 287 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 287 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  32.84 
 
 		 263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 287 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 287 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  35 
 
 		 273 aa  111  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 261 aa  111  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.68 
 
 		 322 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  35.41 
 
 		 256 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 261 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  35.68 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  33.82 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 266 aa  109  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 284 aa  109  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  36.76 
 
 		 284 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  34.29 
 
 		 261 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  33.97 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  36.76 
 
 		 284 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  33.17 
 
 		 260 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  36.76 
 
 		 284 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  33.81 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 249 aa  108  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  33.97 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  33.97 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  33.97 
 
 		 260 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.99 
 
 		 265 aa  107  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  33.97 
 
 		 260 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  32.84 
 
 		 252 aa  105  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  33.97 
 
 		 256 aa  105  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  33.02 
 
 		 245 aa  105  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  34.29 
 
 		 270 aa  105  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  33.18 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  33.95 
 
 		 242 aa  104  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  33.49 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  30.32 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  30.13 
 
 		 648 aa  102  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  35.71 
 
 		 278 aa  101  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  33.66 
 
 		 326 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  35.55 
 
 		 253 aa  99.8  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.43 
 
 		 332 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.64 
 
 		 316 aa  99  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  31.82 
 
 		 235 aa  98.6  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_35424  predicted protein  36.04 
 
 		 311 aa  98.6  6e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.944358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34 
 
 		 334 aa  98.2  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  34.13 
 
 		 362 aa  97.8  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  31.34 
 
 		 312 aa  97.4  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  32.16 
 
 		 246 aa  96.7  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  27.45 
 
 		 304 aa  96.3  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  36.19 
 
 		 238 aa  96.3  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 399 aa  96.3  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 329 aa  94.7  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  33.5 
 
 		 319 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  33.5 
 
 		 319 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  33.82 
 
 		 318 aa  94  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.67 
 
 		 308 aa  94  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.5 
 
 		 319 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.5 
 
 		 319 aa  94  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  33.5 
 
 		 319 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.98 
 
 		 318 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.5 
 
 		 319 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.5 
 
 		 319 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.5 
 
 		 319 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  33.82 
 
 		 333 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.65 
 
 		 322 aa  93.2  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.79 
 
 		 341 aa  93.2  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.5 
 
 		 326 aa  93.6  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  32.18 
 
 		 319 aa  92.8  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.31 
 
 		 308 aa  92.8  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>