More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_12737 on replicon NC_011677
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011677  PHATRDRAFT_12737  predicted protein  100 
 
 
71 aa  144  6e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_15211  predicted protein  68.25 
 
 
91 aa  94.4  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  56.92 
 
 
70 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
68 aa  78.2  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
67 aa  77  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
68 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  48.53 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  50.77 
 
 
69 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.1 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  55 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1832  CspD, cold shock  48.33 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689958  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
70 aa  74.7  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  53.85 
 
 
70 aa  74.7  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  49.23 
 
 
70 aa  74.7  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  55 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  52.94 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  56.9 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2058  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
68 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0186622  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  52.94 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  52.94 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  52.94 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
70 aa  74.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  52.94 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  51.61 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  52.38 
 
 
77 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  51.61 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.36 
 
 
89 aa  74.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  48.53 
 
 
69 aa  74.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  51.61 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  51.61 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  51.61 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  51.61 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  48.33 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  48.48 
 
 
70 aa  73.9  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.33 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.33 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.33 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  52.94 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  52.38 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
68 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
77 aa  73.9  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  55.56 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0261895 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
68 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  53.33 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
65 aa  73.2  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2587  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
68 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.138  normal  0.042071 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.54 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  53.45 
 
 
67 aa  73.6  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
68 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0238191  normal  0.0590257 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1877  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 
68 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131631  hitchhiker  0.0000956681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>