More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_11041 on replicon NC_011672
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011672  PHATRDRAFT_11041  predicted protein  100 
 
 		 240 aa  498  1e-140  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10284  predicted protein  44.44 
 
 		 175 aa  146  3e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.61976  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  35.71 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 217 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  35 
 
 		 219 aa  128  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  37.45 
 
 		 225 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 221 aa  128  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 217 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  35 
 
 		 218 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  38.21 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 214 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  35.86 
 
 		 223 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  35.27 
 
 		 223 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 225 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  32.78 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  35.95 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 225 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  34.84 
 
 		 224 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 216 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 219 aa  118  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 219 aa  118  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 225 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 219 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 219 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 219 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  34.58 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  34.69 
 
 		 559 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  34.57 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 523 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  34.02 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  36.03 
 
 		 225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  32.1 
 
 		 223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  38.17 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  38.8 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  38.17 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 570 aa  112  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 219 aa  112  7.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 218 aa  112  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  36.4 
 
 		 215 aa  111  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  32.22 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  34.16 
 
 		 561 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  34.85 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  33.2 
 
 		 578 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 211 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  32.5 
 
 		 211 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  35.92 
 
 		 549 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.17 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 579 aa  108  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  36.94 
 
 		 574 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 574 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  32.51 
 
 		 567 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  36.63 
 
 		 225 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 574 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 574 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 325 aa  107  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  36.94 
 
 		 574 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3303  pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  31.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1053  pseudouridine synthase  31.95 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.158533  hitchhiker  0.0000197911 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 551 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  33.88 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 561 aa  106  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>