More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1721 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  100 
 
 		 702 aa  1450    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  46.2 
 
 		 735 aa  672    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  49.86 
 
 		 709 aa  724    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  50.78 
 
 		 726 aa  694    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  49.55 
 
 		 795 aa  647    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  46.19 
 
 		 825 aa  644    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  46.76 
 
 		 750 aa  666    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  50.35 
 
 		 742 aa  726    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  48.18 
 
 		 705 aa  609  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  43.96 
 
 		 718 aa  582  1.0000000000000001e-165  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  43.02 
 
 		 751 aa  543  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  41.38 
 
 		 762 aa  488  1e-136  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  41.95 
 
 		 758 aa  484  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.97 
 
 		 706 aa  478  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  39.19 
 
 		 812 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.19 
 
 		 762 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  39.13 
 
 		 814 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  39.81 
 
 		 806 aa  467  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  39.75 
 
 		 808 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  39.75 
 
 		 804 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  39.75 
 
 		 810 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  39.75 
 
 		 808 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  40.46 
 
 		 791 aa  466  9.999999999999999e-131  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  39.75 
 
 		 806 aa  469  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  39.75 
 
 		 808 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  39.27 
 
 		 792 aa  465  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  39.36 
 
 		 806 aa  465  1e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  39.12 
 
 		 794 aa  460  9.999999999999999e-129  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  39.81 
 
 		 770 aa  457  1e-127  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  38.42 
 
 		 715 aa  458  1e-127  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  39.72 
 
 		 791 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  37.41 
 
 		 716 aa  453  1.0000000000000001e-126  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  35.2 
 
 		 716 aa  452  1.0000000000000001e-126  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.07 
 
 		 706 aa  451  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  38.64 
 
 		 795 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  37.34 
 
 		 704 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  38.73 
 
 		 795 aa  446  1.0000000000000001e-124  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  38.41 
 
 		 788 aa  444  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  35.57 
 
 		 709 aa  445  1e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.22 
 
 		 757 aa  444  1e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  36.31 
 
 		 722 aa  434  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  35.62 
 
 		 751 aa  434  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  38.08 
 
 		 792 aa  427  1e-118  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.77 
 
 		 759 aa  428  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  36.19 
 
 		 766 aa  428  1e-118  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  35.34 
 
 		 751 aa  428  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  35.75 
 
 		 752 aa  424  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  35.74 
 
 		 763 aa  424  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  37.56 
 
 		 790 aa  422  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  37.56 
 
 		 790 aa  422  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  35.22 
 
 		 903 aa  419  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.24 
 
 		 770 aa  419  9.999999999999999e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  35.53 
 
 		 763 aa  413  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.05 
 
 		 758 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  37.31 
 
 		 710 aa  404  1e-111  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  37.16 
 
 		 710 aa  402  1e-111  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  34.62 
 
 		 737 aa  404  1e-111  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  34.59 
 
 		 720 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.39 
 
 		 735 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  37.15 
 
 		 737 aa  397  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  32.46 
 
 		 801 aa  399  1e-109  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  33.24 
 
 		 705 aa  399  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 810 aa  397  1e-109  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.5 
 
 		 813 aa  389  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.49 
 
 		 737 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.19 
 
 		 818 aa  388  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  35.62 
 
 		 1182 aa  386  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.91 
 
 		 777 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  33.89 
 
 		 708 aa  385  1e-105  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  33.9 
 
 		 758 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  33.64 
 
 		 805 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  34.97 
 
 		 803 aa  382  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  33.29 
 
 		 863 aa  380  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  34.93 
 
 		 779 aa  382  1e-104  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  32.51 
 
 		 817 aa  380  1e-104  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  33.62 
 
 		 755 aa  378  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  34.98 
 
 		 726 aa  378  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  34.98 
 
 		 726 aa  378  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.75 
 
 		 840 aa  379  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  33.92 
 
 		 801 aa  372  1e-101  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  34.47 
 
 		 736 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  34.47 
 
 		 749 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  33.73 
 
 		 801 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  33.59 
 
 		 667 aa  369  1e-100  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  33.15 
 
 		 774 aa  368  1e-100  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  34.5 
 
 		 722 aa  365  1e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  34.09 
 
 		 733 aa  364  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  32.69 
 
 		 828 aa  362  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  33.01 
 
 		 701 aa  359  8e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1993  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.91 
 
 		 701 aa  359  9e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.13462  normal  0.124011 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  33.76 
 
 		 838 aa  358  1.9999999999999998e-97  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  33.62 
 
 		 836 aa  357  3.9999999999999996e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  32.53 
 
 		 861 aa  355  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  32.8 
 
 		 870 aa  355  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  31.67 
 
 		 833 aa  355  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  32.94 
 
 		 865 aa  355  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  33 
 
 		 819 aa  354  2.9999999999999997e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  32.15 
 
 		 808 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  32.15 
 
 		 808 aa  354  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  33.08 
 
 		 857 aa  353  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>