More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1593 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  100 
 
 		 186 aa  378  1e-104  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  39.87 
 
 		 169 aa  123  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  38.31 
 
 		 172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  33.72 
 
 		 170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  38.25 
 
 		 551 aa  107  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  34.62 
 
 		 168 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  35.54 
 
 		 166 aa  106  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  36.97 
 
 		 170 aa  106  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 187 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  35.4 
 
 		 202 aa  97.8  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  36.36 
 
 		 185 aa  97.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  34.08 
 
 		 178 aa  97.1  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  36.49 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.41 
 
 		 184 aa  97.1  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  36.54 
 
 		 199 aa  96.7  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  36.91 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  37.16 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  36.42 
 
 		 192 aa  96.7  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  37.5 
 
 		 190 aa  95.9  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  39.01 
 
 		 199 aa  95.1  6e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.85 
 
 		 174 aa  94.7  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  39.87 
 
 		 177 aa  94.4  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  35.95 
 
 		 177 aa  93.6  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  33.54 
 
 		 173 aa  93.6  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  37.33 
 
 		 552 aa  92.8  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  36.67 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  32.35 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.15 
 
 		 539 aa  92  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  35.14 
 
 		 174 aa  92.4  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  41.28 
 
 		 165 aa  91.7  6e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  35.14 
 
 		 174 aa  91.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  35.14 
 
 		 174 aa  91.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  33.78 
 
 		 186 aa  91.3  7e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  34.46 
 
 		 186 aa  91.3  7e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  39.74 
 
 		 183 aa  90.9  9e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.14 
 
 		 168 aa  90.9  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  33.9 
 
 		 181 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  41.28 
 
 		 165 aa  90.5  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  33.9 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  33.9 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  33.96 
 
 		 172 aa  90.1  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  33.9 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  33.9 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  41.28 
 
 		 165 aa  90.5  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  32.22 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  34.59 
 
 		 173 aa  89.4  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 174 aa  89.4  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  32.54 
 
 		 181 aa  89.4  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.9 
 
 		 190 aa  89.4  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.35 
 
 		 170 aa  89  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  38.56 
 
 		 180 aa  89.4  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  33.54 
 
 		 173 aa  89.4  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  37.01 
 
 		 175 aa  88.6  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  38.53 
 
 		 167 aa  88.6  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  34.19 
 
 		 173 aa  88.2  6e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  34.27 
 
 		 173 aa  88.2  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  33.72 
 
 		 179 aa  88.2  6e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  33.72 
 
 		 179 aa  87.8  7e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1634  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  41.18 
 
 		 521 aa  87.8  8e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.412877  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  36.77 
 
 		 172 aa  87.8  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  34.67 
 
 		 172 aa  87.4  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  36.52 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  37.59 
 
 		 189 aa  87.4  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  34.57 
 
 		 170 aa  87  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  35.03 
 
 		 170 aa  87  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  38.56 
 
 		 171 aa  87  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  37.91 
 
 		 171 aa  87  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  36.77 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  35.67 
 
 		 173 aa  86.3  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.59 
 
 		 190 aa  86.3  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.69 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  38.62 
 
 		 183 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  37.16 
 
 		 175 aa  86.3  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  35.19 
 
 		 197 aa  86.7  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  35.2 
 
 		 182 aa  86.7  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  38.82 
 
 		 171 aa  85.9  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  34.72 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  35.14 
 
 		 229 aa  85.9  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  38.56 
 
 		 171 aa  85.9  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 172 aa  85.9  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  37.93 
 
 		 183 aa  85.9  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  32.56 
 
 		 180 aa  85.5  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  32.21 
 
 		 185 aa  85.5  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  33.96 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  32.7 
 
 		 198 aa  85.9  4e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  43.64 
 
 		 209 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>