More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0259 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  100 
 
 
447 aa  932    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  34.11 
 
 
441 aa  263  6e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  31.48 
 
 
444 aa  261  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  33.49 
 
 
439 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  32.57 
 
 
438 aa  234  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  31.72 
 
 
437 aa  231  3e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  35.15 
 
 
437 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  33.71 
 
 
433 aa  228  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  35.35 
 
 
437 aa  227  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  37.9 
 
 
439 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  32.84 
 
 
439 aa  222  9e-57  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  37.61 
 
 
437 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  32.24 
 
 
436 aa  212  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  32.28 
 
 
445 aa  209  9e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  33.89 
 
 
439 aa  208  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  32.61 
 
 
446 aa  209  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  31.88 
 
 
425 aa  209  1e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  30.36 
 
 
447 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  30.77 
 
 
428 aa  197  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  30.2 
 
 
428 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  29.7 
 
 
428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  29.29 
 
 
454 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  31.43 
 
 
437 aa  190  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  31.17 
 
 
446 aa  190  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  30.28 
 
 
441 aa  189  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  28.34 
 
 
453 aa  189  8e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  32.13 
 
 
430 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  31.11 
 
 
454 aa  186  6e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  31.3 
 
 
440 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  35.9 
 
 
399 aa  183  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  31.07 
 
 
454 aa  180  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  30.07 
 
 
451 aa  179  9e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  30.79 
 
 
439 aa  175  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  27.13 
 
 
475 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  36.73 
 
 
434 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  28.74 
 
 
426 aa  172  1e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  28.5 
 
 
426 aa  172  1e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  30.94 
 
 
444 aa  170  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  31.25 
 
 
447 aa  170  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  30.99 
 
 
448 aa  169  7e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  27.46 
 
 
445 aa  169  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  30.96 
 
 
441 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  28.32 
 
 
446 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  33.13 
 
 
426 aa  164  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  27.7 
 
 
434 aa  164  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  27.15 
 
 
442 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  29.4 
 
 
459 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  29.02 
 
 
419 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  33.67 
 
 
427 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  29.56 
 
 
422 aa  158  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  28.81 
 
 
440 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  28.76 
 
 
440 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  33.02 
 
 
426 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  29.15 
 
 
453 aa  156  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  27.78 
 
 
434 aa  156  8e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  28.67 
 
 
440 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  28.95 
 
 
424 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  28.33 
 
 
455 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  28.33 
 
 
455 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  28.06 
 
 
450 aa  154  4e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  30.63 
 
 
437 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  29.98 
 
 
442 aa  153  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  28.61 
 
 
441 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  29.95 
 
 
448 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  33.55 
 
 
427 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.97 
 
 
448 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.68 
 
 
448 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  27.49 
 
 
418 aa  146  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  29.7 
 
 
430 aa  146  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4170  FeS assembly protein SufD  28.54 
 
 
445 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  34.46 
 
 
427 aa  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  31.45 
 
 
437 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  30.58 
 
 
437 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  32.5 
 
 
430 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.47 
 
 
441 aa  144  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5393  FeS assembly protein SufD  27.23 
 
 
420 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  25.87 
 
 
439 aa  143  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  30.03 
 
 
430 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  35.77 
 
 
467 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.22 
 
 
441 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  27.37 
 
 
424 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  29.13 
 
 
425 aa  139  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  27.48 
 
 
440 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  28.51 
 
 
435 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1318  SufBD protein  34.55 
 
 
342 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0362341  normal  0.436939 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  27.69 
 
 
444 aa  136  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  33.63 
 
 
448 aa  136  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  27.09 
 
 
440 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0927  FeS assembly protein SufD  26.12 
 
 
425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2391  FeS assembly protein SufD  28.99 
 
 
455 aa  134  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  27.3 
 
 
440 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  26.12 
 
 
425 aa  134  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2253  FeS assembly protein SufD  27.59 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  25.43 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2443  FeS assembly protein SufD  32.39 
 
 
389 aa  128  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.83747  normal  0.102174 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2438  transport system  27.98 
 
 
424 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.629208  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  40 
 
 
423 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  40 
 
 
423 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  40 
 
 
423 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  36.36 
 
 
423 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>