More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0084 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0084  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  100 
 
 
399 aa  826  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.644978 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3111  L-serine ammonia-lyase  58.04 
 
 
404 aa  461  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0917  serine dehydratase alpha chain  57.5 
 
 
406 aa  435  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2070  serine dehydratase alpha chain  53.16 
 
 
403 aa  424  1e-117  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1327  serine dehydratase alpha chain  54.18 
 
 
410 aa  422  1e-117  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00016553 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3034  L-serine ammonia-lyase  54.09 
 
 
410 aa  419  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3112  serine dehydratase alpha chain  49 
 
 
410 aa  383  1e-105  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0667312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  42.36 
 
 
469 aa  327  2e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  42.48 
 
 
458 aa  326  4e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  42.41 
 
 
450 aa  324  2e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  42.32 
 
 
458 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  41.61 
 
 
455 aa  318  8e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  42.67 
 
 
463 aa  317  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  41.02 
 
 
458 aa  317  3e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  41.02 
 
 
458 aa  316  5e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  41.92 
 
 
458 aa  313  3e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  40.79 
 
 
459 aa  312  6e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  39.05 
 
 
460 aa  312  6e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  40.74 
 
 
458 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  40.74 
 
 
458 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  41.85 
 
 
464 aa  310  4e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  39.91 
 
 
457 aa  310  4e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  40.74 
 
 
458 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  40.79 
 
 
458 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  41.09 
 
 
462 aa  308  9e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  39.65 
 
 
462 aa  308  1e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  41.41 
 
 
460 aa  308  1e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  40.87 
 
 
462 aa  306  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  40.48 
 
 
463 aa  306  6e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  41.67 
 
 
454 aa  304  2e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  40.09 
 
 
472 aa  303  5e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  39.6 
 
 
453 aa  302  8e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.89103e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  40.84 
 
 
458 aa  301  1e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  40.97 
 
 
462 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  40.57 
 
 
468 aa  300  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  41.11 
 
 
458 aa  300  2e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12590  L-serine ammonia-lyase  42.48 
 
 
464 aa  300  4e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.82368  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  38.43 
 
 
475 aa  299  7e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  39.96 
 
 
464 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  40.48 
 
 
460 aa  298  1e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  38.66 
 
 
499 aa  298  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  39.34 
 
 
458 aa  298  1e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  40.84 
 
 
454 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  40.88 
 
 
455 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  40.88 
 
 
455 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  40.88 
 
 
455 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  40.88 
 
 
455 aa  297  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  40.88 
 
 
455 aa  296  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  40.84 
 
 
454 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  39.04 
 
 
453 aa  296  4e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  40.57 
 
 
473 aa  296  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  40.62 
 
 
454 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  41.1 
 
 
461 aa  296  4e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  40.22 
 
 
461 aa  296  5e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  39.66 
 
 
475 aa  296  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1902  L-serine dehydratase  38.58 
 
 
455 aa  295  7e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.457679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0288  L-serine ammonia-lyase  38.58 
 
 
455 aa  295  7e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  40.84 
 
 
454 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  40.71 
 
 
461 aa  295  9e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  40.88 
 
 
458 aa  295  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  38.46 
 
 
453 aa  295  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  40.44 
 
 
455 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  40.66 
 
 
455 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  40.44 
 
 
455 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 
461 aa  294  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  41 
 
 
462 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  40.22 
 
 
490 aa  294  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  38.68 
 
 
453 aa  293  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  39.78 
 
 
470 aa  293  4e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  40.66 
 
 
455 aa  293  4e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 
454 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  38.84 
 
 
472 aa  293  5e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  40.44 
 
 
454 aa  292  6e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  39.96 
 
 
464 aa  292  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  40.62 
 
 
456 aa  292  7e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  40.44 
 
 
454 aa  292  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  40.44 
 
 
454 aa  292  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  40.62 
 
 
454 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  39.61 
 
 
461 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  40.62 
 
 
454 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  40.62 
 
 
454 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  39.61 
 
 
461 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  40.62 
 
 
454 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 
454 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  39.78 
 
 
504 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  40.62 
 
 
454 aa  291  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  39.56 
 
 
504 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  40 
 
 
456 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3250  L-serine dehydratase 1  39.78 
 
 
455 aa  290  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.648772  normal  0.619841 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  40.62 
 
 
456 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  39.91 
 
 
458 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  39.56 
 
 
456 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 
454 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  39.56 
 
 
545 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 
454 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  40.18 
 
 
454 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 
454 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  39.39 
 
 
461 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  39.39 
 
 
461 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  40.44 
 
 
456 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>