More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0065 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0065  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
324 aa  663  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0293  secretion protein HlyD  27.99 
 
 
514 aa  120  4e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.287992  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4095  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 
525 aa  118  2e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 
391 aa  90.1  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 
390 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 
387 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1784  secretion protein HlyD  28.89 
 
 
524 aa  87  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0136066  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2097  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.01 
 
 
553 aa  85.5  1e-15  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4388  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 
551 aa  84.3  3e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.420196  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 
450 aa  82.8  7e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.736393 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 
385 aa  81.3  2e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 
406 aa  80.9  3e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 
406 aa  80.9  3e-14  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  24.65 
 
 
361 aa  80.5  4e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3399  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 
582 aa  80.1  5e-14  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 
384 aa  79  1e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1583  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 
564 aa  79  1e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.936512  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 
363 aa  79  1e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  1.5248e-07 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 
363 aa  79  1e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24 
 
 
371 aa  77.4  3e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 
360 aa  77.8  3e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 
360 aa  77.8  3e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  24.91 
 
 
360 aa  77  4e-13  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.90652e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.81 
 
 
357 aa  76.6  6e-13  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  26.24 
 
 
415 aa  76.6  6e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 
360 aa  75.1  1e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  25.89 
 
 
415 aa  75.5  1e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  25.89 
 
 
415 aa  75.5  1e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 
360 aa  75.1  1e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 
460 aa  75.1  2e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.57 
 
 
362 aa  74.3  2e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 
379 aa  74.7  2e-12  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 
352 aa  74.3  2e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  25.53 
 
 
398 aa  74.7  2e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  25 
 
 
386 aa  75.1  2e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  25.53 
 
 
415 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  25.53 
 
 
415 aa  73.9  3e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  25.53 
 
 
415 aa  73.6  4e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  25.53 
 
 
415 aa  73.6  5e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 
380 aa  73.2  5e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.84 
 
 
361 aa  73.6  5e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  1.51053e-06 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 
376 aa  73.2  5e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 
415 aa  73.6  5e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25.53 
 
 
455 aa  73.6  5e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
361 aa  73.6  5e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.48395e-06  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 
360 aa  72.8  7e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  5.42821e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  24.2 
 
 
386 aa  72.4  9e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  6.22308e-11  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  23.71 
 
 
374 aa  72.4  1e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 
350 aa  71.6  1e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 
352 aa  72.4  1e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  23.65 
 
 
413 aa  71.2  2e-11  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 
383 aa  71.6  2e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 
360 aa  71.2  2e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 
360 aa  71.2  2e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 
360 aa  71.2  2e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  1.41161e-05 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 
397 aa  71.2  2e-11  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  23.33 
 
 
385 aa  71.2  2e-11  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.32808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 
360 aa  70.5  3e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.36323e-06  hitchhiker  1.1193e-07 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 
377 aa  70.9  3e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
360 aa  70.9  3e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  7.07575e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.55 
 
 
367 aa  70.5  3e-11  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
360 aa  70.5  3e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  25.86 
 
 
357 aa  70.5  4e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  26.97 
 
 
333 aa  70.5  4e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
360 aa  70.5  4e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  26.55 
 
 
399 aa  70.1  4e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  7.56014e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 
391 aa  70.1  5e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 
451 aa  70.1  5e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  23.1 
 
 
365 aa  69.3  8e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  26.06 
 
 
397 aa  68.9  1e-10  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  25.88 
 
 
384 aa  68.9  1e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  28 
 
 
578 aa  68.9  1e-10  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  26.61 
 
 
405 aa  68.6  1e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 
391 aa  68.6  1e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 
391 aa  68.2  2e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  24.85 
 
 
484 aa  68.2  2e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  23.96 
 
 
344 aa  68.2  2e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 
391 aa  67.8  3e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 
430 aa  67.8  3e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  26.07 
 
 
419 aa  67.4  3e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 
486 aa  67  4e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 
405 aa  67  4e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 
416 aa  67  4e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 
405 aa  67  4e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  24.64 
 
 
399 aa  67.4  4e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001385  probable RND efflux membrane fusion protein  25.95 
 
 
380 aa  67  4e-10  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 
405 aa  67  4e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 
405 aa  67  4e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  26.29 
 
 
405 aa  67  4e-10  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  29.88 
 
 
413 aa  66.6  5e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  26.62 
 
 
435 aa  66.6  5e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 
401 aa  66.6  5e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 
353 aa  66.6  5e-10  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 
372 aa  66.6  5e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 
378 aa  66.6  6e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 
362 aa  66.6  6e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 
379 aa  66.2  7e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 
361 aa  66.2  7e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 
354 aa  66.2  7e-10  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  25.28 
 
 
360 aa  65.9  9e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>