More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0042 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0042  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
426 aa  883  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3814  serine hydroxymethyltransferase  64.64 
 
 
433 aa  588  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.866873  normal  0.501976 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09233  serine hydroxymethyltransferase  65.57 
 
 
439 aa  582  1e-165  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.293634  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3859  serine hydroxymethyltransferase  64.39 
 
 
423 aa  577  1e-163  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3633  serine hydroxymethyltransferase  64.45 
 
 
431 aa  575  1e-163  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7293  Glycine hydroxymethyltransferase  62.97 
 
 
425 aa  573  1e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3410  serine hydroxymethyltransferase  64.79 
 
 
424 aa  574  1e-162  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.751124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4970  Glycine hydroxymethyltransferase  64.68 
 
 
428 aa  568  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00413503  hitchhiker  2.04325e-13 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1617  serine hydroxymethyltransferase  63.38 
 
 
424 aa  561  1e-159  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0275  serine hydroxymethyltransferase  60.99 
 
 
422 aa  530  1e-149  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.246164 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0127  Glycine hydroxymethyltransferase  61.45 
 
 
435 aa  526  1e-148  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0630  serine hydroxymethyltransferase  59.81 
 
 
440 aa  514  1e-145  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1789  serine hydroxymethyltransferase  58.47 
 
 
438 aa  516  1e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0584  serine hydroxymethyltransferase  59.35 
 
 
440 aa  512  1e-144  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0130889  normal  0.707508 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0727  serine hydroxymethyltransferase  58.24 
 
 
438 aa  508  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1590  serine hydroxymethyltransferase  57.67 
 
 
440 aa  506  1e-142  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.079275 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1965  serine hydroxymethyltransferase  57.21 
 
 
441 aa  504  1e-141  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.128494  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0601  serine hydroxymethyltransferase  57.67 
 
 
440 aa  502  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0389  serine hydroxymethyltransferase  58.16 
 
 
436 aa  490  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.285606 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  55.79 
 
 
412 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1155  serine hydroxymethyltransferase  57.68 
 
 
436 aa  488  1e-136  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  55.79 
 
 
412 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  56.64 
 
 
415 aa  484  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  55.56 
 
 
412 aa  483  1e-135  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  58.67 
 
 
417 aa  479  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  56.4 
 
 
415 aa  480  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  57.48 
 
 
418 aa  478  1e-134  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  55.76 
 
 
416 aa  479  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  56.4 
 
 
415 aa  480  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 
417 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  55.92 
 
 
417 aa  477  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  58.43 
 
 
417 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.383314 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0221  serine hydroxymethyltransferase  56.29 
 
 
412 aa  476  1e-133  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  55.69 
 
 
417 aa  476  1e-133  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1094  serine hydroxymethyltransferase  58.43 
 
 
417 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.412028  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1160  serine hydroxymethyltransferase  58.43 
 
 
417 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  55.92 
 
 
417 aa  477  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  54.74 
 
 
415 aa  471  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1142  serine hydroxymethyltransferase  57.58 
 
 
417 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.510367  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  57.45 
 
 
415 aa  474  1e-132  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1344  serine hydroxymethyltransferase  57.58 
 
 
417 aa  474  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.538197  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3471  serine hydroxymethyltransferase  57.96 
 
 
417 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  56.76 
 
 
417 aa  469  1e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71460  serine hydroxymethyltransferase  56.47 
 
 
417 aa  471  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0197843  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  55.69 
 
 
415 aa  471  1e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6203  serine hydroxymethyltransferase  56.47 
 
 
417 aa  470  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0377267  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  56.03 
 
 
415 aa  469  1e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.67671e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  55.32 
 
 
415 aa  471  1e-131  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5243  serine hydroxymethyltransferase  56.5 
 
 
417 aa  469  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383038  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60890  serine hydroxymethyltransferase  56.5 
 
 
417 aa  471  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2780  serine hydroxymethyltransferase  57.48 
 
 
417 aa  469  1e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  56.29 
 
 
417 aa  471  1e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1557  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 
417 aa  469  1e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4132  serine hydroxymethyltransferase  56.53 
 
 
417 aa  467  1e-130  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  5.88766e-06  normal  0.517769 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 
417 aa  468  1e-130  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3162  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 
417 aa  466  1e-130  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.911286  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1209  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 
417 aa  468  1e-130  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  54.85 
 
 
410 aa  465  1e-130  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  55.19 
 
 
417 aa  468  1e-130  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  2.0982e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0345  serine hydroxymethyltransferase  56 
 
 
417 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.911009 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  55.5 
 
 
427 aa  465  1e-130  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3305  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 
417 aa  467  1e-130  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.297219  hitchhiker  0.000907019 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  56.03 
 
 
417 aa  466  1e-130  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  56.26 
 
 
417 aa  467  1e-130  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0322  serine hydroxymethyltransferase  56 
 
 
417 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457346  decreased coverage  2.86459e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0344  serine hydroxymethyltransferase  56 
 
 
417 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  55.5 
 
 
427 aa  465  1e-130  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  56.26 
 
 
412 aa  466  1e-130  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  54.85 
 
 
410 aa  464  1e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4632  serine hydroxymethyltransferase  55.79 
 
 
417 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10278  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  56.52 
 
 
416 aa  463  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1033  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 
417 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414818  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2083  serine hydroxymethyltransferase  56.06 
 
 
418 aa  462  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.112354  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0703  serine hydroxymethyltransferase  55.79 
 
 
417 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602975  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0841  glycine hydroxymethyltransferase  55.11 
 
 
417 aa  464  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.33053  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4885  serine hydroxymethyltransferase  55.53 
 
 
417 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.551008 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  54.31 
 
 
422 aa  462  1e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0702  serine hydroxymethyltransferase  55.79 
 
 
417 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0603318  normal  0.0336909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4513  serine hydroxymethyltransferase  55.56 
 
 
417 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0695784  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  56.03 
 
 
411 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.28494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0671  serine hydroxymethyltransferase  55.79 
 
 
417 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557812  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3161  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 
417 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.261571  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  54.14 
 
 
413 aa  461  1e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  5.66706e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04405  serine hydroxymethyltransferase  56.04 
 
 
417 aa  464  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4270  serine hydroxymethyltransferase  56.03 
 
 
417 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  54.01 
 
 
420 aa  464  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  54.85 
 
 
413 aa  460  1e-128  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  55.32 
 
 
413 aa  460  1e-128  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  54.14 
 
 
412 aa  459  1e-128  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3262  serine hydroxymethyltransferase  53.92 
 
 
454 aa  459  1e-128  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2807  serine hydroxymethyltransferase  55.87 
 
 
418 aa  459  1e-128  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0316342  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  53.38 
 
 
424 aa  459  1e-128  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5208  serine hydroxymethyltransferase  55.29 
 
 
417 aa  461  1e-128  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0287253 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  54.87 
 
 
420 aa  459  1e-128  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4712  serine hydroxymethyltransferase  54.59 
 
 
417 aa  459  1e-128  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  54.85 
 
 
414 aa  458  1e-128  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  4.68931e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  54.85 
 
 
413 aa  458  1e-128  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  3.58223e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  54.85 
 
 
413 aa  458  1e-128  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  3.15106e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  55.58 
 
 
415 aa  459  1e-128  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33010  serine hydroxymethyltransferase  55.87 
 
 
418 aa  458  1e-128  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.821039  hitchhiker  9.6337e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>