More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0034 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0034  thioredoxin  100 
 
 
104 aa  212  1e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04950  thioredoxin  60 
 
 
105 aa  139  2e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0867  thioredoxin  57.84 
 
 
105 aa  134  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.800963  hitchhiker  0.0030343 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0428  thioredoxin  53.47 
 
 
110 aa  130  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0530  thioredoxin  50.51 
 
 
114 aa  130  7e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.303131  normal  0.878071 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0301  thioredoxin  54.29 
 
 
106 aa  130  8e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0180  thioredoxin  58 
 
 
115 aa  127  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1323  thioredoxin  58.16 
 
 
107 aa  124  4e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.131811  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0649  hypothetical protein  51.52 
 
 
109 aa  124  5e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.698912 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  55.1 
 
 
107 aa  120  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1343  thioredoxin  63.81 
 
 
105 aa  120  8e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253183  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0093  thioredoxin  48.51 
 
 
106 aa  119  2e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00548015 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  53.92 
 
 
107 aa  118  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  5.34537e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0171  thioredoxin  50 
 
 
105 aa  117  5e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.620565  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0691  thioredoxin  53.47 
 
 
105 aa  115  2e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0215  thioredoxin  49.02 
 
 
105 aa  115  3e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.370161  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0922  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  115  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1261  thioredoxin  53 
 
 
109 aa  114  4e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.262262  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  55.1 
 
 
106 aa  114  4e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3022  thioredoxin  51.02 
 
 
112 aa  114  4e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  114  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3336  thioredoxin  46 
 
 
259 aa  114  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2065  thioredoxin  49.49 
 
 
110 aa  113  7e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.568423 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  52.04 
 
 
107 aa  113  7e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2548  thioredoxin  51.49 
 
 
109 aa  112  1e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.543523  normal  0.158534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4710  thioredoxin  49.5 
 
 
105 aa  112  1e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.015363  normal  0.0508397 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  50.98 
 
 
106 aa  112  2e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1206  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  112  2e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.232039  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  112  2e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0813  thioredoxin  51 
 
 
109 aa  112  2e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1867  thioredoxin  46.08 
 
 
106 aa  112  2e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.115873  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002097  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  110  4e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00313258  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00337  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  110  4e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1150  thioredoxin  49.48 
 
 
109 aa  111  4e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  7.55865e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  110  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  47 
 
 
108 aa  110  7e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1196  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  110  7e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0836  thioredoxin  49.02 
 
 
104 aa  110  8e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0147  thioredoxin 1  50.5 
 
 
108 aa  110  8e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23390  thioredoxin  46.6 
 
 
107 aa  110  8e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  47 
 
 
109 aa  110  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2698  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  110  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0171911  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0162  thioredoxin  50 
 
 
104 aa  110  9e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0143  thioredoxin  55.95 
 
 
104 aa  109  1e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0183  thioredoxin  55.95 
 
 
104 aa  109  1e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  51.96 
 
 
108 aa  109  1e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1673  thioredoxin  46 
 
 
109 aa  109  1e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.172284  hitchhiker  0.000827642 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  48.35 
 
 
110 aa  109  1e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  48 
 
 
108 aa  109  1e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0295  thioredoxin  48.04 
 
 
104 aa  109  1e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0904  thioredoxin  44.76 
 
 
105 aa  109  1e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  2.01022e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  48.35 
 
 
110 aa  109  1e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  52.04 
 
 
106 aa  109  2e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3579  thioredoxin  45.1 
 
 
107 aa  108  2e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.248424  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4233  thioredoxin  51.04 
 
 
111 aa  108  2e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.604285  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3655  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  108  2e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  4.17679e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1006  thioredoxin  44.55 
 
 
259 aa  108  2e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1545  thioredoxin  50 
 
 
110 aa  108  2e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.24811  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0373  thioredoxin  51.04 
 
 
105 aa  108  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1142  thioredoxin  48.04 
 
 
104 aa  108  3e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  108  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  49.5 
 
 
108 aa  108  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  43 
 
 
109 aa  108  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  108  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  108  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  52.69 
 
 
112 aa  107  4e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  50.54 
 
 
109 aa  107  4e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  52.04 
 
 
107 aa  107  4e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1412  thioredoxin  55.95 
 
 
104 aa  107  4e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  50.5 
 
 
108 aa  107  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  107  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  8.66569e-05 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  45.45 
 
 
107 aa  107  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  46.46 
 
 
110 aa  107  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5215  thioredoxin  48.51 
 
 
109 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  48.51 
 
 
108 aa  107  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  49.49 
 
 
108 aa  107  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5124  thioredoxin  48.51 
 
 
109 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  50 
 
 
108 aa  107  7e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  44.44 
 
 
108 aa  107  7e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5927  thioredoxin  46.46 
 
 
110 aa  107  7e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  49.49 
 
 
108 aa  107  8e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  7.24164e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  106  9e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0360  thioredoxin  52.04 
 
 
109 aa  106  9e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  106  9e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  49.46 
 
 
107 aa  106  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  48.51 
 
 
109 aa  105  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.15955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>