More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC7424_3738 on replicon NC_011729
Organism: Cyanothece sp. PCC 7424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1148 aa  691    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1164 aa  690    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1162 aa  636    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.84 
 
 		 1148 aa  665    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  39.24 
 
 		 1169 aa  751    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1162 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1168 aa  694    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1169 aa  699    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09151  transcriptional-repair coupling factor  46.71 
 
 		 1175 aa  1111    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  47.77 
 
 		 1246 aa  650    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1176 aa  744    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1207 aa  655    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1165 aa  644    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1188 aa  687    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1164 aa  645    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1176 aa  742    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1178 aa  744    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.04 
 
 		 1176 aa  745    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1153 aa  689    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1153 aa  688    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  34.77 
 
 		 1174 aa  652    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  35.48 
 
 		 1216 aa  656    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1198 aa  648    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1210 aa  679    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  52.66 
 
 		 1167 aa  1248    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  36.63 
 
 		 1150 aa  639    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1148 aa  690    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  67.66 
 
 		 1188 aa  1677    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1176 aa  665    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  35.64 
 
 		 1158 aa  649    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  36.03 
 
 		 1149 aa  642    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10301  transcriptional-repair coupling factor  45.69 
 
 		 1170 aa  1100    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1161 aa  654    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1155 aa  656    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  57.48 
 
 		 1192 aa  1382    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  35.68 
 
 		 1148 aa  671    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  57.93 
 
 		 1192 aa  1379    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1158 aa  695    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1168 aa  694    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  37.28 
 
 		 1234 aa  662    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1176 aa  742    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0961  transcriptional-repair coupling factor  46.16 
 
 		 1174 aa  1112    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.489301  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  64.56 
 
 		 1153 aa  1578    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1193 aa  653    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  56.14 
 
 		 1193 aa  1318    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1183 aa  739    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1148 aa  691    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1208 aa  674    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1178 aa  773    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1157 aa  651    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1137 aa  644    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.65 
 
 		 1153 aa  669    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  52.83 
 
 		 1167 aa  1251    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1148 aa  639    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1179 aa  643    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  35.87 
 
 		 1153 aa  642    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1150 aa  652    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1157 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1147 aa  639    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  65.99 
 
 		 1166 aa  1624    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1182 aa  660    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1211 aa  664    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.72 
 
 		 1148 aa  664    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 		 1211 aa  666    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 		 1179 aa  696    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1160 aa  654    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1122 aa  650    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.77 
 
 		 1162 aa  707    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1162 aa  706    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.35 
 
 		 1143 aa  657    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  64.43 
 
 		 1180 aa  1574    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1160 aa  638    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  35.54 
 
 		 1148 aa  642    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1178 aa  661    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1157 aa  667    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1265 aa  711    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1148 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 		 1145 aa  639    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1188 aa  667    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  44.88 
 
 		 1165 aa  639    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1179 aa  692    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1168 aa  696    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1222 aa  647    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1159 aa  703    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1189 aa  659    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1198 aa  665    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1160 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1192 aa  670    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1177 aa  672    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1224 aa  667    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1155 aa  646    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 		 1211 aa  666    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  35.08 
 
 		 1163 aa  637    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1212 aa  671    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1173 aa  647    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  35.93 
 
 		 1121 aa  669    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>