More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC7424_3312 on replicon NC_011729
Organism: Cyanothece sp. PCC 7424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
301 aa  623  1e-177  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  72.85 
 
 
309 aa  447  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  72.85 
 
 
309 aa  447  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  68.58 
 
 
316 aa  422  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  66.2 
 
 
316 aa  409  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  65.38 
 
 
314 aa  409  1e-113  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  57.97 
 
 
323 aa  352  2.9999999999999997e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 
325 aa  317  1e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  54.96 
 
 
293 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  52.8 
 
 
313 aa  312  2.9999999999999996e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 
300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  51.96 
 
 
308 aa  308  5e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  51.96 
 
 
332 aa  308  8e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  47.7 
 
 
302 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
317 aa  285  9e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
315 aa  283  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  45.73 
 
 
316 aa  281  8.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 
311 aa  278  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 
309 aa  270  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
318 aa  267  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 
326 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 
316 aa  264  1e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 
310 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  43.64 
 
 
318 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
301 aa  254  9e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
311 aa  253  3e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  44.17 
 
 
299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 
299 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  46.4 
 
 
309 aa  248  9e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
313 aa  247  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  41.67 
 
 
314 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  42.55 
 
 
302 aa  246  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
314 aa  246  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
326 aa  246  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
310 aa  245  6.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 
301 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
320 aa  242  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  43.26 
 
 
319 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
314 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  39.79 
 
 
316 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
309 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 
316 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
315 aa  231  9e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
315 aa  231  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
312 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
311 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
316 aa  230  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 
311 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  40.49 
 
 
305 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 
300 aa  227  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 
316 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
307 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
320 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 
315 aa  225  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
320 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
314 aa  223  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
308 aa  219  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
320 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  41.52 
 
 
326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
327 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
305 aa  216  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 
315 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
323 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
329 aa  202  8e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
316 aa  195  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
307 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
326 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 
325 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
328 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
323 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
317 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
324 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  33.33 
 
 
325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
327 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
332 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  34.05 
 
 
330 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
322 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
325 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
325 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 
332 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
318 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
332 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
332 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
312 aa  180  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
306 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
322 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 
318 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 
322 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
317 aa  178  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
322 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>