299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0055 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 74 bp  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 80 bp  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0123  tRNA-Arg  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.553606  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  90 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>