More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4205 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  87.24 
 
 
534 aa  958    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  100 
 
 
535 aa  1109    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.54 
 
 
516 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.54 
 
 
516 aa  355  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.99 
 
 
516 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.35 
 
 
516 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  35.95 
 
 
516 aa  350  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  37.33 
 
 
504 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  31.51 
 
 
526 aa  269  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  31.49 
 
 
532 aa  244  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  30.68 
 
 
523 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  29.09 
 
 
506 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  29.09 
 
 
506 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  29.09 
 
 
506 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  32.56 
 
 
518 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  29.23 
 
 
506 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  30.58 
 
 
521 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  31.45 
 
 
518 aa  229  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  31.71 
 
 
518 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  31.45 
 
 
518 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  31.25 
 
 
518 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  31.62 
 
 
518 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  30.54 
 
 
511 aa  226  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  30.21 
 
 
518 aa  225  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  29.78 
 
 
518 aa  224  4e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  29.78 
 
 
518 aa  224  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  29.63 
 
 
518 aa  224  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  29.78 
 
 
518 aa  224  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  29.78 
 
 
518 aa  223  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  29.78 
 
 
518 aa  223  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.63 
 
 
518 aa  223  7e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  31.28 
 
 
497 aa  221  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  31.21 
 
 
538 aa  221  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  29.68 
 
 
528 aa  219  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.26 
 
 
532 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  31.26 
 
 
532 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  31.26 
 
 
532 aa  218  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.26 
 
 
532 aa  218  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  31.26 
 
 
532 aa  218  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.33 
 
 
533 aa  217  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.33 
 
 
533 aa  217  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.2 
 
 
533 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.16 
 
 
460 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.16 
 
 
474 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  28.19 
 
 
515 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.06 
 
 
532 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  26.9 
 
 
500 aa  212  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  31.93 
 
 
519 aa  209  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  31.86 
 
 
514 aa  208  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  29.25 
 
 
528 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 
528 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  28.77 
 
 
528 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  27.51 
 
 
507 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  27.7 
 
 
520 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  27.51 
 
 
507 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  27.81 
 
 
521 aa  201  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.98 
 
 
521 aa  201  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  39.84 
 
 
526 aa  200  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  39.84 
 
 
526 aa  200  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  26.98 
 
 
521 aa  200  6e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  28.46 
 
 
528 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.79 
 
 
521 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  29.84 
 
 
506 aa  197  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.25 
 
 
516 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.39 
 
 
486 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.25 
 
 
516 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.25 
 
 
516 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  28.02 
 
 
529 aa  194  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  28.05 
 
 
512 aa  194  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.06 
 
 
516 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  27.05 
 
 
534 aa  193  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  27.05 
 
 
534 aa  193  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  27.05 
 
 
534 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  38.01 
 
 
532 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  41.28 
 
 
532 aa  191  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  27.39 
 
 
522 aa  191  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.06 
 
 
516 aa  190  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  33.78 
 
 
525 aa  184  5.0000000000000004e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  27.49 
 
 
490 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  25.82 
 
 
501 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  25.41 
 
 
546 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  34.58 
 
 
530 aa  177  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 
1120 aa  177  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  27.12 
 
 
520 aa  177  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  34.53 
 
 
374 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  25.55 
 
 
546 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.19 
 
 
859 aa  175  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  25.89 
 
 
588 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.4 
 
 
851 aa  174  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  32.29 
 
 
538 aa  172  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.97 
 
 
739 aa  171  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  38.8 
 
 
685 aa  171  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.21 
 
 
819 aa  171  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.26 
 
 
862 aa  170  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.46 
 
 
593 aa  169  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.61 
 
 
958 aa  169  9e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.46 
 
 
593 aa  169  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.11 
 
 
533 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  29.53 
 
 
535 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 
1499 aa  168  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>