31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4143 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4143  GlpM family protein  100 
 
 		 113 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4424  GlpM family protein  95.58 
 
 		 113 aa  214  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2468  GlpM family protein  75.22 
 
 		 113 aa  175  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.691843  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1845  GlpM family protein  66.67 
 
 		 111 aa  153  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2378  GlpM family protein  69.91 
 
 		 114 aa  152  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.478096  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2036  GlpM family protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000115017  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01566  hypothetical protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2316  hypothetical protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1792  hypothetical protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0167056  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2023  GlpM family protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1814  hypothetical protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0297907  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1682  hypothetical protein  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.415334  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01576  conserved inner membrane protein associated with alginate biosynthesis  67.29 
 
 		 111 aa  150  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.612551  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1593  hypothetical protein  67.29 
 
 		 111 aa  148  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0586032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1644  GlpM family protein  62.62 
 
 		 111 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.345737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1698  GlpM protein  62.62 
 
 		 111 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0695256  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1576  GlpM family protein  62.62 
 
 		 111 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.156929 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1585  GlpM family protein  62.62 
 
 		 111 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16158  normal  0.77266 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2358  GlpM family protein  56.64 
 
 		 113 aa  138  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2050  GlpM protein  56.64 
 
 		 114 aa  138  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00204107  hitchhiker  0.00420022 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2255  GlpM protein  56.64 
 
 		 113 aa  138  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000704437  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4541  GlpM  54.21 
 
 		 112 aa  124  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.300436  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1065  GlpM family protein  56.07 
 
 		 111 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1106  GlpM family protein  55.14 
 
 		 111 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.659945  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4347  GlpM family protein  56.07 
 
 		 111 aa  121  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0576  glpM protein  56.07 
 
 		 116 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06572  hypothetical protein  63.1 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1558  membrane protein GlpM  56.07 
 
 		 112 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0965  hypothetical protein  44.44 
 
 		 124 aa  100  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.112689  unclonable  0.0000287605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17920  membrane protein GlpM  56.86 
 
 		 109 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2476  GlpM protein  29.07 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502599 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>