56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4113 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4113  peptidase M55 D-aminopeptidase  100 
 
 
273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.951094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4402  peptidase M55 D-aminopeptidase  96.7 
 
 
273 aa  550  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3975  peptidase M55 D-aminopeptidase  84.25 
 
 
273 aa  475  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0142  peptidase M55 D-aminopeptidase  83.15 
 
 
273 aa  473  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0164001  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1323  peptidase M55 D-aminopeptidase  42.75 
 
 
271 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.035577  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0629  peptidase M55 D-aminopeptidase  41.26 
 
 
272 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0390191  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1257  peptidase M55 D-aminopeptidase  42.38 
 
 
271 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.563378 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1384  hypothetical protein  42.38 
 
 
271 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.803903  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7323  hypothetical protein  41.85 
 
 
272 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3007  peptidase M55 D-aminopeptidase  40 
 
 
273 aa  202  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4595  peptidase M55, D-aminopeptidase  41.03 
 
 
273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.694399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3107  peptidase M55, D-aminopeptidase  42.07 
 
 
272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1922  D-aminopeptidase DppA  41.26 
 
 
272 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1412  D-aminopeptidase DppA  41.88 
 
 
275 aa  195  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0479815 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0135  D-aminopeptidase DppA  41.11 
 
 
272 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.770845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0840  D-aminopeptidase DppA  41.82 
 
 
277 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.181532  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2747  peptidase M55 D-aminopeptidase  41.63 
 
 
282 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3349  peptidase M55 D-aminopeptidase  40.44 
 
 
275 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0275369  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3575  peptidase M55, D-aminopeptidase  40.51 
 
 
275 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00281601  normal  0.133258 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1117  dipeptide transport protein, putative  42.65 
 
 
275 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.350409  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1662  D-aminopeptidase DppA  41.11 
 
 
272 aa  185  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4221  peptidase M55 D-aminopeptidase  40.07 
 
 
275 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.436913  normal  0.615325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3239  peptidase M55 D-aminopeptidase  38.89 
 
 
271 aa  185  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0979  putative dipeptide transport protein  41.54 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0186218  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1353  putative dipeptide transport protein  41.54 
 
 
276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1763  putative dipeptide transport protein  41.54 
 
 
276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146935  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1848  peptidase M55, D-aminopeptidase  41.54 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.234321  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0243  putative dipeptide transport protein  41.54 
 
 
276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.997125  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0397  putative dipeptide transport protein  41.54 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.583711  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0320  peptidase  41.54 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4422  peptidase M55 D-aminopeptidase  40.81 
 
 
275 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1863  D-aminopeptidase DppA  39.71 
 
 
275 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4167  peptidase M55, D-aminopeptidase  41.09 
 
 
275 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4199  peptidase M55, D-aminopeptidase  41.09 
 
 
275 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4056  peptidase M55 D-aminopeptidase  39.71 
 
 
275 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3126  peptidase M55 D-aminopeptidase  41.52 
 
 
277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4322  peptidase M55 D-aminopeptidase  39.43 
 
 
280 aa  166  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00711376 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5273  D-aminopeptidase  38.01 
 
 
281 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394132  normal  0.226286 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1594  peptidase M55 D-aminopeptidase  34.56 
 
 
271 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177822  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3210  peptidase M55 D-aminopeptidase  36.19 
 
 
277 aa  155  8e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0312  peptidase M55 D-aminopeptidase  36.5 
 
 
271 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1265  D-aminopeptidase DppA  38.01 
 
 
271 aa  152  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00495776  hitchhiker  0.000000282701 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19920  D-aminopeptidase DppA  35.41 
 
 
275 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000508019  decreased coverage  0.0000487782 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0351  peptidase M55 D-aminopeptidase  35.27 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2925  peptidase M55 D-aminopeptidase  35.32 
 
 
274 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5860  peptidase M55 D-aminopeptidase  33.86 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4003  peptidase M55 D-aminopeptidase  35.69 
 
 
279 aa  127  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0365991  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3467  peptidase M55 D-aminopeptidase  33.7 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1020  peptidase M55 D-aminopeptidase  34.5 
 
 
279 aa  118  9e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.580614 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8120  D-aminopeptidase  30.74 
 
 
280 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2851  peptidase M55 D-aminopeptidase  35.56 
 
 
284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0564974  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0500  peptidase M55 D-aminopeptidase  27.11 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0706  peptidase M55, D-aminopeptidase  38.87 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1790  peptidase M55 D-aminopeptidase  29.04 
 
 
278 aa  113  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1743  peptidase M55 D-aminopeptidase  30.68 
 
 
268 aa  107  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0783265  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1929  peptidase M55, D-aminopeptidase  24.82 
 
 
272 aa  95.9  7e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0142981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>