243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4065 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03841  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4030  Phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1505  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.05 
 
 		 875 aa  909    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4278  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.32 
 
 		 878 aa  984    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.419374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0274  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.94 
 
 		 881 aa  1026    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1508  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.35 
 
 		 878 aa  938    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4403  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1500    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.494951 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1110  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.82 
 
 		 875 aa  907    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4217  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.05 
 
 		 875 aa  910    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.638207  normal  0.736372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1318  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.59 
 
 		 878 aa  928    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0969534  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2754  phosphoenolpyruvate carboxylase  67.05 
 
 		 876 aa  1205    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4096  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.71 
 
 		 889 aa  1025    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0190  phosphoenolpyruvate carboxylase  86.93 
 
 		 880 aa  1569    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03790  hypothetical protein  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.17 
 
 		 876 aa  914    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757254 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4091  phosphoenolpyruvate carboxylase  87.37 
 
 		 878 aa  1573    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1255  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.88 
 
 		 876 aa  923    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0155098  normal  0.99385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4450  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.22 
 
 		 883 aa  1488    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0357723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4783  phosphoenolpyruvate carboxylase  87.03 
 
 		 878 aa  1568    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.380349  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39300  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.72 
 
 		 878 aa  914    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_27976  predicted protein  42.07 
 
 		 1009 aa  650    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.205513  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4065  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 		 879 aa  1802    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3900  phosphoenolpyruvate carboxylase  87.49 
 
 		 898 aa  1574    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4495  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.305581  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3380  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.08 
 
 		 873 aa  808    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000188284  normal  0.443016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0327  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.66 
 
 		 878 aa  1003    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.95477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4447  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.22 
 
 		 883 aa  1488    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169419 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0248  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.35 
 
 		 887 aa  981    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1640  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.49 
 
 		 883 aa  887    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00188681  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00045  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.82 
 
 		 888 aa  1185    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4190  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4214  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.6 
 
 		 889 aa  1021    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0606  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.94 
 
 		 872 aa  941    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00195008  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0994  phosphoenolpyruvate carboxylase  63.95 
 
 		 879 aa  1164    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3710  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.82 
 
 		 889 aa  1025    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0235  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.82 
 
 		 889 aa  1029    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.859727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.08 
 
 		 882 aa  835    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0189  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.51 
 
 		 882 aa  1002    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000683526  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4060  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16690  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.56 
 
 		 878 aa  939    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0125  phosphoenolpyruvate carboxylase  87.37 
 
 		 878 aa  1573    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0225  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.98 
 
 		 878 aa  975    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002310  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.14 
 
 		 877 aa  1179    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3906  phosphoenolpyruvate carboxylase  59.05 
 
 		 889 aa  1031    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0254  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.91 
 
 		 887 aa  1028    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.974753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0226  phosphoenolpyruvate carboxylase  59.59 
 
 		 878 aa  1072    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2234  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.24 
 
 		 881 aa  931    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4350  phosphoenolpyruvate carboxylase  98.52 
 
 		 879 aa  1781    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4112  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.89 
 
 		 875 aa  912    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.685624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4329  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.22 
 
 		 883 aa  1488    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.01 
 
 		 883 aa  798    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5416  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3928  phosphoenolpyruvate carboxylase  89.08 
 
 		 879 aa  1589    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1451  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.72 
 
 		 878 aa  934    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.4068  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4360  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.22 
 
 		 912 aa  1485    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4125  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.48 
 
 		 889 aa  1022    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00742  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.08 
 
 		 873 aa  940    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00719358  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4442  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.56 
 
 		 883 aa  1501    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4524  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.22 
 
 		 883 aa  1488    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189502 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0200  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.78 
 
 		 878 aa  986    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.611049  normal  0.122744 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_51006  predicted protein  41.26 
 
 		 1007 aa  669    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.381291  normal  0.0264006 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4015  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.71 
 
 		 889 aa  1025    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.265986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4030  phosphoenolpyruvate carboxylase  82.47 
 
 		 883 aa  1486    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.366538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3718  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.71 
 
 		 889 aa  1024    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.910029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3360  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.08 
 
 		 878 aa  937    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2222  phosphoenolpyruvate carboxylase  66.93 
 
 		 887 aa  1184    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000647926  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_51136  predicted protein  42.5 
 
 		 877 aa  624  1e-177  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.84 
 
 		 929 aa  487  1e-136  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.81 
 
 		 952 aa  476  1e-133  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.12 
 
 		 946 aa  475  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.12 
 
 		 946 aa  475  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.12 
 
 		 946 aa  475  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.68 
 
 		 938 aa  471  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.52 
 
 		 985 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.44 
 
 		 928 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.09 
 
 		 1001 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3706  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.53 
 
 		 937 aa  468  9.999999999999999e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.625576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.84 
 
 		 1002 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.8 
 
 		 931 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.08 
 
 		 929 aa  459  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.53 
 
 		 906 aa  459  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5805  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.28 
 
 		 914 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.454197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.61 
 
 		 929 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3372  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.62 
 
 		 954 aa  453  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16897  normal  0.0169506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.35 
 
 		 933 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.38 
 
 		 942 aa  452  1e-125  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.12 
 
 		 945 aa  446  1.0000000000000001e-124  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.21 
 
 		 933 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2750  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.47 
 
 		 1009 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.57 
 
 		 936 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2707  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.78 
 
 		 936 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136783 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.89 
 
 		 1018 aa  449  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0994  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.18 
 
 		 892 aa  444  1e-123  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.74 
 
 		 920 aa  443  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0699  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.98 
 
 		 1006 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2536  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.51 
 
 		 921 aa  441  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0366441  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04694  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.57 
 
 		 896 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.510612  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1147  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.3 
 
 		 994 aa  439  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0661  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.96 
 
 		 831 aa  437  1e-121  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.76 
 
 		 926 aa  438  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>