More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3984 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 216 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  94.44 
 
 		 216 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  52.97 
 
 		 218 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  47.57 
 
 		 217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  46.31 
 
 		 215 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 217 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 214 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 230 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 216 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1244  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 211 aa  122  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.487831 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 211 aa  118  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2389  putative transcriptional regulator  40.31 
 
 		 213 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 224 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  111  7.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 225 aa  111  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 233 aa  109  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.23 
 
 		 239 aa  108  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4210  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 231 aa  104  8e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  39.9 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  37.32 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 230 aa  102  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 226 aa  102  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 		 231 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  35.57 
 
 		 228 aa  102  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 		 230 aa  102  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 227 aa  101  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 222 aa  101  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 235 aa  101  7e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 235 aa  101  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 242 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 214 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  34.54 
 
 		 237 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 233 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 245 aa  99.4  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3944  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 211 aa  99  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 262 aa  99  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 219 aa  98.2  8e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  34.17 
 
 		 227 aa  98.2  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 		 227 aa  97.4  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 223 aa  96.3  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.16 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 245 aa  95.9  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 212 aa  95.9  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 262 aa  95.5  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 262 aa  95.5  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 238 aa  95.1  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  36.52 
 
 		 216 aa  95.1  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 250 aa  95.1  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  35.68 
 
 		 216 aa  95.1  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 254 aa  94  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 255 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 230 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 223 aa  93.2  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 239 aa  92.8  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 221 aa  92.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 258 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 255 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 256 aa  92  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  92  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  92  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 255 aa  91.7  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 255 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 226 aa  91.7  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 226 aa  91.7  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>