182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3930 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  100 
 
 		 277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  95.31 
 
 		 277 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  67.52 
 
 		 274 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  68.25 
 
 		 278 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  68.25 
 
 		 278 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  66.18 
 
 		 278 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  66.42 
 
 		 280 aa  362  4e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  67.06 
 
 		 259 aa  351  7e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  56.32 
 
 		 276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  55.96 
 
 		 276 aa  325  3e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  58.09 
 
 		 276 aa  326  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  55.96 
 
 		 276 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  55.96 
 
 		 276 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  55.96 
 
 		 276 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  55.96 
 
 		 276 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  55.96 
 
 		 276 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  55.96 
 
 		 276 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  55.96 
 
 		 276 aa  325  5e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  56.25 
 
 		 276 aa  321  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  56.25 
 
 		 276 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  56.25 
 
 		 276 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  56.51 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  56.51 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  45.96 
 
 		 280 aa  243  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  45.59 
 
 		 280 aa  237  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  45.96 
 
 		 277 aa  236  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  46.38 
 
 		 279 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  44.16 
 
 		 280 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  41.07 
 
 		 283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  40.22 
 
 		 276 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  38.13 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  38.08 
 
 		 281 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  38.43 
 
 		 280 aa  201  9e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  40.14 
 
 		 278 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 281 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  37.99 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  37.72 
 
 		 281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  39.56 
 
 		 278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 280 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  36.07 
 
 		 281 aa  198  7e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 280 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  38.71 
 
 		 278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  38.93 
 
 		 280 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  36.26 
 
 		 287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  34.86 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  34.2 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  30.47 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  27.21 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  36.27 
 
 		 292 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  29.93 
 
 		 284 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  28.86 
 
 		 289 aa  102  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  30.15 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  29.78 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  31.14 
 
 		 295 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  32.62 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  42.75 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  40.44 
 
 		 224 aa  97.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  31.48 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  30.77 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  30.92 
 
 		 286 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  34.01 
 
 		 286 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  42.22 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 340 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  26.37 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  28.18 
 
 		 235 aa  62  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.57 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  28.18 
 
 		 235 aa  62  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  28.85 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  30.08 
 
 		 519 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  26.36 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  27.66 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  28.16 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  28.16 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  23.71 
 
 		 486 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.22 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  27.8 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  27.36 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  26.95 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  31.06 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  24.62 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  28.64 
 
 		 528 aa  56.2  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  27.32 
 
 		 376 aa  55.8  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  31.71 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  28.42 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  30.3 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  27.19 
 
 		 541 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  26.44 
 
 		 389 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 430 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  26.4 
 
 		 444 aa  54.3  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  24.16 
 
 		 279 aa  53.1  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 520 aa  53.1  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  32.32 
 
 		 569 aa  52.4  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  27.52 
 
 		 207 aa  52.8  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  26.34 
 
 		 487 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  26.34 
 
 		 487 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  32.98 
 
 		 290 aa  52.4  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  28 
 
 		 318 aa  52.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  26.47 
 
 		 386 aa  52.4  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  33.82 
 
 		 209 aa  52.4  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>