More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3911 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4085  citrate synthase I  96.71 
 
 		 427 aa  871    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3911  citrate synthase I  100 
 
 		 427 aa  895    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1231  type II citrate synthase  65.41 
 
 		 428 aa  612  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2919  type II citrate synthase  65.88 
 
 		 428 aa  610  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2973  type II citrate synthase  65.18 
 
 		 426 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00618343  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1379  type II citrate synthase  65.18 
 
 		 426 aa  608  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000415607  normal  0.279105 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3105  type II citrate synthase  65.41 
 
 		 428 aa  609  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.510334  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1139  type II citrate synthase  65.64 
 
 		 428 aa  608  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2886  type II citrate synthase  65.18 
 
 		 426 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000035086  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1221  type II citrate synthase  64.39 
 
 		 427 aa  609  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.233861  normal  0.0870629 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00680  citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2916  citrate synthase I  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349648  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0810  type II citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.659455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0887  type II citrate synthase  64.39 
 
 		 427 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.304459 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0732  type II citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.482725  normal  0.945982 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0854  type II citrate synthase  64.39 
 
 		 427 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000551297 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0638  type II citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0790  type II citrate synthase  64.39 
 
 		 427 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148883  normal  0.115118 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00669  hypothetical protein  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0747  type II citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2935  type II citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0764  type II citrate synthase  64.39 
 
 		 427 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0768  type II citrate synthase  63.92 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0825  type II citrate synthase  64.39 
 
 		 427 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1262  type II citrate synthase  64.4 
 
 		 430 aa  601  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.728692  normal  0.31118 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004117  citrate synthase (si)  64.22 
 
 		 429 aa  594  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1678  type II citrate synthase  63.59 
 
 		 431 aa  593  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0407476  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01350  type II citrate synthase  63.27 
 
 		 429 aa  589  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0841  type II citrate synthase  62.8 
 
 		 429 aa  583  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1422  type II citrate synthase  61.81 
 
 		 428 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000689188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0960  citrate synthase  60.9 
 
 		 427 aa  565  1e-160  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01870  Citrate synthase  57.98 
 
 		 425 aa  552  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2257  citrate synthase I  59.95 
 
 		 431 aa  554  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19804  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1705  type II citrate synthase  60.48 
 
 		 428 aa  548  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0861056  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1926  type II citrate synthase  60.77 
 
 		 428 aa  546  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1794  citrate synthase I  57.82 
 
 		 426 aa  545  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000880013  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1630  type II citrate synthase  60.48 
 
 		 428 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.01465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1705  type II citrate synthase  60.24 
 
 		 428 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00232802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2819  type II citrate synthase  59.48 
 
 		 428 aa  544  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0484944  normal  0.528181 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2274  type II citrate synthase  60.38 
 
 		 428 aa  544  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000358341  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1783  type II citrate synthase  59.21 
 
 		 429 aa  543  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0004224  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1650  type II citrate synthase  59.67 
 
 		 428 aa  542  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000481967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2189  type II citrate synthase  58.69 
 
 		 445 aa  541  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00268971  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1646  type II citrate synthase  59.48 
 
 		 429 aa  541  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0982845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1831  type II citrate synthase  59.76 
 
 		 428 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000179965  normal  0.249033 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1789  type II citrate synthase  59.06 
 
 		 429 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.069091  hitchhiker  0.00547545 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2520  type II citrate synthase  59.76 
 
 		 428 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0560239  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29820  type II citrate synthase  57.55 
 
 		 427 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1832  type II citrate synthase  59.06 
 
 		 430 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0111193  normal  0.0527351 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2348  type II citrate synthase  59.2 
 
 		 428 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729565  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2633  type II citrate synthase  59.76 
 
 		 428 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000579193  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2513  type II citrate synthase  59.76 
 
 		 428 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000256312  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4194  type II citrate synthase  57.48 
 
 		 429 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0867349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1660  type II citrate synthase  57.48 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2563  type II citrate synthase  58.12 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3517  type II citrate synthase  57.48 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1596  type II citrate synthase  58.35 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2042  type II citrate synthase  57.88 
 
 		 430 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0529149  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4425  citrate synthase I  59.04 
 
 		 436 aa  535  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224643  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3765  type II citrate synthase  57.48 
 
 		 429 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0679988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1524  citrate synthase I  58.45 
 
 		 430 aa  534  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802094  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2214  citrate synthase I  57.45 
 
 		 428 aa  532  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.525644  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1148  type II citrate synthase  57.41 
 
 		 430 aa  531  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2194  citrate synthase I  57.01 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2004  type II citrate synthase  57.01 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719341  normal  0.158891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2508  type II citrate synthase  57.48 
 
 		 436 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.636436  normal  0.21976 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1144  type II citrate synthase  59.29 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3694  type II citrate synthase  56.91 
 
 		 428 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1106  type II citrate synthase  57.41 
 
 		 435 aa  531  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3181  citrate synthase I  57.78 
 
 		 438 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.270593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0646  citrate synthase I  57.75 
 
 		 430 aa  528  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1609  type II citrate synthase  56.54 
 
 		 429 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2805  citrate synthase I  56.31 
 
 		 427 aa  529  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.359876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1409  citrate synthase I  58.01 
 
 		 429 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.423182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44070  type II citrate synthase  56.67 
 
 		 428 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1149  citrate synthase I  56.81 
 
 		 424 aa  528  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2032  citrate synthase  55.9 
 
 		 428 aa  526  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808291  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1841  citrate synthase  57.14 
 
 		 430 aa  525  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.040491 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2111  citrate synthase  58.25 
 
 		 454 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000226419  normal  0.855626 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0061  citrate synthase  55.13 
 
 		 430 aa  521  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0890712  normal  0.301769 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1994  citrate synthase  58.25 
 
 		 428 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.189666  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0704  citrate synthase I  58.25 
 
 		 428 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3091  citrate synthase I  58.25 
 
 		 428 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2023  citrate synthase I  57.62 
 
 		 429 aa  519  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1681  citrate synthase I  58.84 
 
 		 429 aa  521  1e-146  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592991 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3212  citrate synthase  58.06 
 
 		 427 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215147  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1187  citrate synthase  56.4 
 
 		 431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0858  citrate synthase I  56.73 
 
 		 433 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2813  type II citrate synthase  56.97 
 
 		 434 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1212  citrate synthase  55.71 
 
 		 428 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000171793  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1132  citrate synthase  56.84 
 
 		 431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5222  citrate synthase I  55.9 
 
 		 429 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2860  citrate synthase  56.6 
 
 		 432 aa  513  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1845  type II citrate synthase  55.29 
 
 		 433 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.273477  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2545  citrate synthase I  55.69 
 
 		 431 aa  514  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3589  type II citrate synthase  55.11 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2890  type II citrate synthase  55.11 
 
 		 433 aa  511  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2843  type II citrate synthase  55.56 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.433784  normal  0.36225 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3939  type II citrate synthase  55.11 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3716  citrate synthase I  57.24 
 
 		 430 aa  511  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.364105  normal  0.0570227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>