More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3839 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 280 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  88.85 
 
 		 270 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0984  alanine racemase domain protein  80.93 
 
 		 271 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3709  alanine racemase domain-containing protein  82.17 
 
 		 283 aa  408  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.948517  normal  0.0157517 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4113  hypothetical protein  75.36 
 
 		 286 aa  391  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  69.51 
 
 		 257 aa  347  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1237  hypothetical protein  70.21 
 
 		 261 aa  344  7e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1145  alanine racemase domain-containing protein  68.91 
 
 		 261 aa  344  1e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4212  alanine racemase domain-containing protein  65.62 
 
 		 269 aa  342  2.9999999999999997e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0294103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2737  alanine racemase domain protein  67.76 
 
 		 259 aa  320  9.999999999999999e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3134  alanine racemase domain protein  60.69 
 
 		 262 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2306  hypothetical protein  59.84 
 
 		 271 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4138  alanine racemase domain-containing protein  59.75 
 
 		 276 aa  271  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  58.9 
 
 		 271 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0906  alanine racemase domain protein  48.15 
 
 		 241 aa  226  4e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.248468  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  43.75 
 
 		 275 aa  218  7.999999999999999e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  47.46 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  47.9 
 
 		 244 aa  203  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  50.22 
 
 		 234 aa  202  5e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  45.45 
 
 		 243 aa  196  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  48.03 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  43.75 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  43.04 
 
 		 231 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  38.71 
 
 		 253 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  41.48 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  43.48 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  38.84 
 
 		 230 aa  175  7e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1552  alanine racemase domain-containing protein  44.17 
 
 		 248 aa  175  9e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  44.89 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  46.98 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  43.75 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  39.56 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  34.48 
 
 		 235 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1116  alanine racemase domain protein  43.84 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0312206  normal  0.913907 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3251  alanine racemase domain-containing protein  43.67 
 
 		 244 aa  169  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183035  hitchhiker  0.000198069 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1431  alanine racemase domain protein  44.16 
 
 		 230 aa  168  9e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  44.64 
 
 		 234 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  47 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  44.83 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  43.56 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  41.52 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1265  alanine racemase domain protein  42.92 
 
 		 235 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  40.36 
 
 		 225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  40.71 
 
 		 226 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  42.11 
 
 		 228 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  43.3 
 
 		 230 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1356  alanine racemase domain-containing protein  35.96 
 
 		 231 aa  165  8e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  41.96 
 
 		 230 aa  165  9e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  45.41 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  42.6 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0498  alanine racemase domain-containing protein  41.13 
 
 		 235 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.812973  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09220  conserved hypothetical protein TIGR00044  38.63 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00199115  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  39.73 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  44.39 
 
 		 236 aa  163  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3449  alanine racemase domain-containing protein  38.46 
 
 		 219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  36.77 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2011  alanine racemase domain protein  40.91 
 
 		 220 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  36.52 
 
 		 233 aa  162  7e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  44.64 
 
 		 228 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  41.59 
 
 		 229 aa  161  9e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1034  alanine racemase domain protein  41.05 
 
 		 226 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000216914  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  44.98 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5094  alanine racemase domain protein  44.2 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.699197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  45.26 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  40.62 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  42.98 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1904  alanine racemase domain protein  43.04 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  41.07 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2208  alanine racemase domain protein  41.76 
 
 		 272 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.834769 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09518  hypothetical protein  39.13 
 
 		 219 aa  160  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0858  hypothetical protein  40.98 
 
 		 236 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0454343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  44.61 
 
 		 231 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  39.11 
 
 		 235 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0930  alanine racemase domain protein  45.13 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.246462  normal  0.758463 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  40.26 
 
 		 229 aa  158  8e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  44.98 
 
 		 232 aa  158  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  42.11 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  44.2 
 
 		 229 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  41.96 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  36.16 
 
 		 235 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  44 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0085  alanine racemase domain protein  43.35 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  41.81 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  41.96 
 
 		 228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4225  alanine racemase domain protein  42.31 
 
 		 249 aa  155  7e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0670129  normal  0.153387 
 
 
-
 
NC_002950  PG2126  hypothetical protein  41.15 
 
 		 224 aa  155  8e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1487  hypothetical protein  41.92 
 
 		 240 aa  155  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.164906  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  44.64 
 
 		 229 aa  155  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  41.52 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  43.16 
 
 		 229 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  38.67 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  43.04 
 
 		 229 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  46.12 
 
 		 227 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  39.57 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  42.11 
 
 		 237 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  39.65 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2108  hypothetical protein  43.33 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1822  hypothetical protein  38.54 
 
 		 219 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000058196  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  45.63 
 
 		 223 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  43.23 
 
 		 232 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>