More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3790 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 315 aa  643    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  94.29 
 
 		 315 aa  611  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  81.35 
 
 		 313 aa  528  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  78.03 
 
 		 315 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  78.03 
 
 		 315 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  78.66 
 
 		 314 aa  519  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  78.03 
 
 		 315 aa  518  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  511  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  511  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  511  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  511  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  78.34 
 
 		 315 aa  511  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  77.71 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  77.71 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  78.46 
 
 		 313 aa  508  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  77.71 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  77.71 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  510  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  76.75 
 
 		 315 aa  509  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  510  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  77.71 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  78.03 
 
 		 315 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  77.71 
 
 		 315 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  64.01 
 
 		 315 aa  424  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  61.59 
 
 		 321 aa  418  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 		 318 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 		 318 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  64.52 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  65.27 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 		 318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  64.24 
 
 		 317 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  63.99 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  63.55 
 
 		 324 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  61.15 
 
 		 315 aa  401  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  63.99 
 
 		 318 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  60.83 
 
 		 315 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  63.34 
 
 		 318 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  63.23 
 
 		 321 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  63.34 
 
 		 318 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 		 320 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  62.06 
 
 		 329 aa  391  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  63.87 
 
 		 319 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 320 aa  386  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  59.29 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 312 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  56.27 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  59.24 
 
 		 314 aa  364  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  58.28 
 
 		 314 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  58.71 
 
 		 310 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  58.71 
 
 		 310 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  57.42 
 
 		 310 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  57.64 
 
 		 314 aa  351  7e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  53.4 
 
 		 327 aa  348  7e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  57.96 
 
 		 314 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  55.73 
 
 		 319 aa  346  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  54.14 
 
 		 312 aa  343  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  55.63 
 
 		 310 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  51.45 
 
 		 311 aa  341  8e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  56.25 
 
 		 322 aa  333  2e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  51.45 
 
 		 314 aa  329  3e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  55.41 
 
 		 325 aa  329  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  51.45 
 
 		 314 aa  329  3e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  54.46 
 
 		 318 aa  329  4e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  53.14 
 
 		 314 aa  326  3e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  52.81 
 
 		 314 aa  323  2e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  53.85 
 
 		 308 aa  323  3e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  53.05 
 
 		 332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  51.75 
 
 		 323 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  52.53 
 
 		 325 aa  299  5e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  53.54 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  51.16 
 
 		 311 aa  295  5e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  51.31 
 
 		 307 aa  295  8e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  51.34 
 
 		 308 aa  292  4e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  52.15 
 
 		 307 aa  292  7e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  54.15 
 
 		 309 aa  286  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  48.34 
 
 		 311 aa  287  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  50.49 
 
 		 310 aa  282  6.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  49.35 
 
 		 307 aa  281  1e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  49.02 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 327 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 327 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  45.02 
 
 		 313 aa  276  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  50.84 
 
 		 312 aa  276  3e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 330 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  49.35 
 
 		 327 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 327 aa  275  6e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  45.34 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  46.31 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  50.33 
 
 		 320 aa  273  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  50.8 
 
 		 328 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 327 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>