More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3784 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 275 aa  563  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  91.61 
 
 		 275 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  65.57 
 
 		 275 aa  363  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  65.09 
 
 		 275 aa  360  9e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  62.31 
 
 		 273 aa  353  1e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  62.31 
 
 		 273 aa  353  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  62.31 
 
 		 273 aa  353  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  63.7 
 
 		 272 aa  353  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  63.7 
 
 		 272 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  63.33 
 
 		 272 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  62.96 
 
 		 273 aa  348  7e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  62.96 
 
 		 273 aa  348  7e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  62.36 
 
 		 272 aa  346  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  61.99 
 
 		 272 aa  345  5e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  345  5e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  345  5e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  61.99 
 
 		 272 aa  345  5e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  61.99 
 
 		 272 aa  345  5e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 		 272 aa  342  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  61.25 
 
 		 272 aa  341  9e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  61.85 
 
 		 272 aa  340  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  61.62 
 
 		 272 aa  340  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4506  shikimate 5-dehydrogenase  62.73 
 
 		 272 aa  324  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000408747  hitchhiker  0.000607991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  51.67 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  53.33 
 
 		 271 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  53.28 
 
 		 292 aa  265  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  53.65 
 
 		 292 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 272 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0006  shikimate 5-dehydrogenase  47.91 
 
 		 271 aa  260  2e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  51.62 
 
 		 287 aa  258  9e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 292 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 282 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  51.49 
 
 		 273 aa  256  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 282 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  51.31 
 
 		 271 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 282 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 282 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  52.04 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  52.22 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  53.51 
 
 		 273 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 277 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 275 aa  248  9e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  51.47 
 
 		 274 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 		 274 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  45.05 
 
 		 278 aa  245  6e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  51.1 
 
 		 274 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  48.88 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  51.84 
 
 		 274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  45.59 
 
 		 277 aa  242  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  45.96 
 
 		 277 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  48.53 
 
 		 274 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  44.98 
 
 		 273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 277 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 274 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  46.21 
 
 		 279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  48.89 
 
 		 273 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 274 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  49.06 
 
 		 273 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  49.08 
 
 		 278 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 274 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  50.56 
 
 		 265 aa  229  5e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 277 aa  225  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  46.84 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 		 275 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  45.93 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  45.9 
 
 		 271 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 266 aa  219  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  47.41 
 
 		 274 aa  218  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0418  dehydroshikimate reductase  45.7 
 
 		 254 aa  215  7e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  46.49 
 
 		 288 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  46.13 
 
 		 288 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  44.16 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  43.4 
 
 		 265 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  46.82 
 
 		 270 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  44.73 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  45.49 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  44.36 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  43.23 
 
 		 265 aa  204  8e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  41.11 
 
 		 272 aa  203  2e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 288 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  46.38 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 292 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  45.8 
 
 		 290 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  40.74 
 
 		 272 aa  202  6e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  46.07 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  44.36 
 
 		 272 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  47.37 
 
 		 270 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  44.36 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>