More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3765 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3765  elongation factor P  100 
 
 		 188 aa  391  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3943  elongation factor P  97.87 
 
 		 188 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.359107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0412  elongation factor P  96.81 
 
 		 188 aa  378  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0376  elongation factor P  95.74 
 
 		 188 aa  377  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4731  elongation factor P  82.98 
 
 		 188 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4612  elongation factor P  82.98 
 
 		 188 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4695  elongation factor P  82.98 
 
 		 188 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4604  elongation factor P  82.98 
 
 		 188 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.724396  normal  0.715091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4752  elongation factor P  82.98 
 
 		 188 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.69408 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04017  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3845  translation elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03979  hypothetical protein  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4704  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4677  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4389  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5663  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.140312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4616  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23769 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3865  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  330  5e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3818  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  327  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.145028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0719  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  327  5.0000000000000004e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3672  elongation factor P  81.91 
 
 		 188 aa  327  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0333  elongation factor P  80.85 
 
 		 188 aa  325  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000340238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0466  elongation factor P  73.94 
 
 		 188 aa  299  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03678  elongation factor P  68.62 
 
 		 189 aa  279  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107744  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2234  elongation factor P  68.09 
 
 		 188 aa  278  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002232  translation elongation factor P  65.96 
 
 		 188 aa  274  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00137  elongation factor P  65.96 
 
 		 188 aa  274  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1289  elongation factor P  65.96 
 
 		 188 aa  271  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0131068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0441  elongation factor P  64.89 
 
 		 189 aa  267  7e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1950  elongation factor P  64.55 
 
 		 190 aa  266  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1680  elongation factor P  63.68 
 
 		 190 aa  265  2e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2792  elongation factor P  64.89 
 
 		 188 aa  264  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00201072  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3282  translation elongation factor P  63.3 
 
 		 189 aa  263  8.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.924366 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0972  translation elongation factor P  64.52 
 
 		 191 aa  260  6.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1082  translation elongation factor P (EF-P)  64.52 
 
 		 189 aa  258  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.160371 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0486  elongation factor P  62.43 
 
 		 191 aa  257  6e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000541045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1232  translation elongation factor P  66.84 
 
 		 187 aa  257  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.120458  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1320  elongation factor P  62.23 
 
 		 188 aa  256  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2626  elongation factor P  58.51 
 
 		 189 aa  255  3e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0684  elongation factor P  60.64 
 
 		 189 aa  255  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0365  elongation factor P  61.17 
 
 		 189 aa  254  6e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0465  translation elongation factor P  63.1 
 
 		 187 aa  253  9e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.754261 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0340  elongation factor P  61.7 
 
 		 189 aa  253  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1576  elongation factor P  61.7 
 
 		 188 aa  251  6e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1633  elongation factor P  61.7 
 
 		 187 aa  247  8e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1741  translation elongation factor P  60.11 
 
 		 188 aa  245  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2531  translation elongation factor P (EF-P)  60.96 
 
 		 188 aa  244  6e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.218639  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2782  elongation factor P  60.85 
 
 		 191 aa  244  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0045  elongation factor P  56.91 
 
 		 188 aa  238  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2015  elongation factor P  56.91 
 
 		 188 aa  238  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1979  elongation factor P  56.38 
 
 		 189 aa  235  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0589  translation elongation factor P  55.03 
 
 		 189 aa  234  4e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.14592  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0899  translation elongation factor P  59.36 
 
 		 191 aa  231  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2742  elongation factor P  60.11 
 
 		 188 aa  228  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.4562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00382  elongation factor P  60.44 
 
 		 183 aa  218  6e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0948  translation elongation factor P (EF-P)  51.63 
 
 		 187 aa  211  5.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103286  decreased coverage  0.000108298 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0077  elongation factor P  42.78 
 
 		 190 aa  186  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164055 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  45.36 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1052  translation elongation factor P  47.54 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000883108  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0847  elongation factor P  45.36 
 
 		 185 aa  184  7e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000412318  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1247  elongation factor P  45.7 
 
 		 189 aa  184  7e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1538  elongation factor P  46.15 
 
 		 185 aa  184  8e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.112402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4171  translation elongation factor P  47.28 
 
 		 187 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.374404  normal  0.818087 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0664  translation elongation factor P  46.45 
 
 		 185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1763  elongation factor P  45.41 
 
 		 187 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00363755  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2147  elongation factor P  44.32 
 
 		 187 aa  180  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000102512  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1458  translation elongation factor P (EF-P)  46.45 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0677588  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1838  elongation factor P  44.32 
 
 		 187 aa  178  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1752  elongation factor P  44.86 
 
 		 187 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000421728  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0132  elongation factor P  45.65 
 
 		 188 aa  178  4.999999999999999e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2161  elongation factor P  44.32 
 
 		 187 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0655  elongation factor P  45.7 
 
 		 189 aa  177  5.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1379  elongation factor P  45.7 
 
 		 189 aa  177  5.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0576  elongation factor P  45.7 
 
 		 189 aa  177  5.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.925832  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2055  elongation factor P  44.32 
 
 		 187 aa  177  7e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2358  elongation factor P  45.41 
 
 		 187 aa  177  8e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0880785  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2693  elongation factor P  45.05 
 
 		 185 aa  177  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1913  elongation factor P  44.02 
 
 		 187 aa  176  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000066721  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0133  elongation factor P  47.34 
 
 		 190 aa  176  2e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.00102096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1922  elongation factor P  42.08 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.775944  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1034  translation elongation factor P  42.08 
 
 		 185 aa  174  7e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1187  elongation factor P  44.09 
 
 		 189 aa  174  8e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07870  translation elongation factor P  44.39 
 
 		 187 aa  173  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.884317  hitchhiker  0.00530797 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1570  elongation factor P  46.24 
 
 		 188 aa  172  1.9999999999999998e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06150  translation elongation factor P  43.72 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2128  elongation factor P  42.86 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000767038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0546  translation elongation factor P  45.9 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1717  translation elongation factor P (EF-P)  41.85 
 
 		 188 aa  171  5.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0425827 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0693  translation elongation factor P  42.16 
 
 		 190 aa  170  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0648  translation elongation factor P (EF-P)  43.24 
 
 		 190 aa  170  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.581307  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0511  elongation factor P  46.2 
 
 		 187 aa  170  1e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0622  translation elongation factor P  44.68 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449055  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2544  translation elongation factor P  44.26 
 
 		 186 aa  168  3e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0481189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0682  translation elongation factor P  42.7 
 
 		 190 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0682  translation elongation factor P  42.7 
 
 		 190 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0468  translation elongation factor P  43.85 
 
 		 187 aa  167  6e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.019587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2089  elongation factor P  42.62 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1803  elongation factor P  42.62 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1305  elongation factor P  43.96 
 
 		 187 aa  167  1e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.656375  normal  0.0587891 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2489  elongation factor P  41.85 
 
 		 187 aa  164  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>