More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3747 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
254 aa  507  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.76 
 
 
257 aa  349  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.409709  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.8 
 
 
276 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0872978  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.7 
 
 
264 aa  332  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0933  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.2 
 
 
261 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.2 
 
 
261 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.59 
 
 
177 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19201  normal  0.101834 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
281 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.68 
 
 
280 aa  129  6e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.93 
 
 
290 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
283 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.0607956 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1812  ABC transporter, permease protein  32.23 
 
 
257 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.554956  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
273 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
258 aa  123  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
283 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193679 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.57 
 
 
278 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.28 
 
 
289 aa  122  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  30.43 
 
 
252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.208956  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34320  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  29.63 
 
 
273 aa  119  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
269 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
298 aa  118  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
280 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
262 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.577279 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1818  ABC transporter, permease protein  28 
 
 
263 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.493092 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
287 aa  117  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  33.68 
 
 
272 aa  116  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
275 aa  115  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1692  putative ABC transporter membrane protein  30.51 
 
 
281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00465779  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0761961  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
273 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  28.28 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  26.69 
 
 
285 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0049  ABC taurine transporter, binding protein inner membrane component  27.09 
 
 
330 aa  112  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0656508 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
252 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
266 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.534527 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18130  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  31.78 
 
 
283 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.5 
 
 
277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.36 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.31 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.37818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  28.76 
 
 
272 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2719  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.89 
 
 
284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7247  ABC transporter permease  31.73 
 
 
286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00669088  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.99 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.54 
 
 
263 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.98 
 
 
280 aa  108  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
267 aa  108  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  30.24 
 
 
277 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.75 
 
 
274 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.92 
 
 
279 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  28.96 
 
 
250 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
275 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.142025  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
257 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
298 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.81 
 
 
296 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.159688 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3459  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.89 
 
 
283 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.703735  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.03 
 
 
271 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.07 
 
 
412 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
282 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
281 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  27.31 
 
 
279 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.6 
 
 
252 aa  106  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.05 
 
 
272 aa  105  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
279 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.82 
 
 
263 aa  105  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.35 
 
 
291 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.582448  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
265 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1746  putative molybdenum ABC transporter, solute-binding protein  28.57 
 
 
249 aa  104  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000716411  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.81 
 
 
284 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12960  taurine ABC transporter permease  31.05 
 
 
272 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299757  normal  0.321121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
279 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
265 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2677  putative ABC transporter, permease protein  29.72 
 
 
255 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.58951 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
256 aa  103  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  27.31 
 
 
263 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.35 
 
 
253 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.58 
 
 
279 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.30868 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0159  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.35 
 
 
253 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
265 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16930  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  29.5 
 
 
322 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.327  normal  0.410158 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.38 
 
 
257 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0826963  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0620  taurine transport system permease protein TauC  29.13 
 
 
245 aa  103  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00071484  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4332  ABC transporter permease  28.38 
 
 
298 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
257 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  27.83 
 
 
275 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.19 
 
 
280 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  25.63 
 
 
284 aa  102  5e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
264 aa  102  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  25.63 
 
 
284 aa  102  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  25.63 
 
 
284 aa  102  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.38 
 
 
263 aa  102  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.81 
 
 
260 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
259 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
265 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  27.57 
 
 
275 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
275 aa  101  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>