37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3690 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3887  hypothetical protein  98.91 
 
 		 366 aa  743    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3690  hypothetical protein  100 
 
 		 366 aa  748    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3931  hypothetical protein  88.32 
 
 		 366 aa  647    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0765  ABC-type sugar-binding periplasmic protein  64.15 
 
 		 369 aa  497  1e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.234513  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3345  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  52.63 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2711  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  50.68 
 
 		 369 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.210601 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5039  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  50.14 
 
 		 364 aa  361  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4516  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  50.55 
 
 		 365 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.112183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6409  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  50.55 
 
 		 365 aa  358  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000000237151  normal  0.403501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1595  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  46.3 
 
 		 368 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.32236  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5185  putative signal peptide protein  42.65 
 
 		 377 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.296404  normal  0.0737238 
 
 
-
 
NC_003296  RS02363  signal peptide protein  41.39 
 
 		 366 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0272231 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1312  ABC transporter substrate-binding protein or LacI-type transcriptional regulator  44.55 
 
 		 357 aa  272  5.000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3830  hypothetical protein  38.72 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.985949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0679  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  24.06 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0806  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  28.9 
 
 		 398 aa  68.6  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2342  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.56 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2362  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.2 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0310858 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1810  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.74 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0233725  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0099  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  23.47 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  25.56 
 
 		 310 aa  55.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0604  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  23.17 
 
 		 391 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.26 
 
 		 309 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  25.53 
 
 		 310 aa  50.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.04 
 
 		 319 aa  48.9  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  25 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.38 
 
 		 310 aa  47.8  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0588  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like  20.56 
 
 		 390 aa  47  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1241  putative rhizopine-binding precursor signal peptide protein  25.27 
 
 		 309 aa  46.6  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0063  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.98 
 
 		 309 aa  46.2  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4568  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.91 
 
 		 308 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.23 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4004  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.45 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 		 326 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3958  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.83 
 
 		 436 aa  44.3  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000179604  hitchhiker  0.00000000917586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50130  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  24.82 
 
 		 308 aa  43.9  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5154  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  32.98 
 
 		 342 aa  43.1  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0997977  normal  0.778027 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>