259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3683 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3683  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 
219 aa  440  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3877  ribose-5-phosphate isomerase A  97.72 
 
 
238 aa  432  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0519  ribose 5-phosphate isomerase  87.1 
 
 
220 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3924  ribose-5-phosphate isomerase A  88.94 
 
 
239 aa  387  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.266536  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0560  ribose 5-phosphate isomerase  85.25 
 
 
220 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0855  ribose-5-phosphate isomerase A  85.25 
 
 
218 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000367757  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0858  ribose-5-phosphate isomerase A  85.25 
 
 
218 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3822  ribose-5-phosphate isomerase A  85.25 
 
 
218 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0108055  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  83.56 
 
 
231 aa  374  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  84.02 
 
 
219 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0825  ribose-5-phosphate isomerase A  76.5 
 
 
219 aa  340  7e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  76.39 
 
 
219 aa  338  3e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  75.93 
 
 
219 aa  337  6e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0974  ribose-5-phosphate isomerase A  75.46 
 
 
219 aa  336  2e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.461351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1012  ribose-5-phosphate isomerase A  75.46 
 
 
219 aa  336  2e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1150  ribose-5-phosphate isomerase A  74.54 
 
 
219 aa  335  3e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0898  ribose-5-phosphate isomerase A  75.12 
 
 
218 aa  333  8e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  8.72466e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  73.73 
 
 
218 aa  333  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3389  ribose-5-phosphate isomerase A  74.54 
 
 
220 aa  331  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  74.19 
 
 
219 aa  329  2e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2542  ribose-5-phosphate isomerase A  74.77 
 
 
218 aa  328  3e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0601  ribose 5-phosphate isomerase  74.65 
 
 
218 aa  328  4e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3514  ribose-5-phosphate isomerase A  74.07 
 
 
220 aa  328  4e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.163527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1064  ribose-5-phosphate isomerase A  74.07 
 
 
220 aa  328  4e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884107 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3293  ribose-5-phosphate isomerase A  74.07 
 
 
220 aa  328  4e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.272189  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0816  ribose-5-phosphate isomerase A  71.89 
 
 
219 aa  327  9e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  73.15 
 
 
220 aa  323  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03555  ribose-5-phosphate isomerase A  73.49 
 
 
218 aa  322  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002480  ribose 5-phosphate isomerase A  73.95 
 
 
218 aa  321  6e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00368346  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2056  ribose-5-phosphate isomerase A  72.09 
 
 
218 aa  317  1e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000849677  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2736  ribose-5-phosphate isomerase A  76.04 
 
 
219 aa  315  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0647  ribose-5-phosphate isomerase A  66.82 
 
 
223 aa  311  5e-84  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.807989  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1545  ribose-5-phosphate isomerase A  68.66 
 
 
218 aa  303  1e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3508  ribose-5-phosphate isomerase A  68.37 
 
 
218 aa  298  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.846939  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  68.04 
 
 
218 aa  296  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0355  ribose-5-phosphate isomerase A  67.28 
 
 
218 aa  295  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.991442  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4136  ribose 5-phosphate isomerase  66.37 
 
 
223 aa  288  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00349227  hitchhiker  1.66181e-09 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  63.59 
 
 
220 aa  288  4e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1568  ribose-5-phosphate isomerase A  64.22 
 
 
220 aa  286  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.02684e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5203  ribose-5-phosphate isomerase A  63.8 
 
 
224 aa  283  2e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03207  ribose-5-phosphate isomerase A  66.67 
 
 
220 aa  281  4e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.335569  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4223  ribose-5-phosphate isomerase A  64.57 
 
 
237 aa  281  4e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5382  ribose-5-phosphate isomerase A  64.25 
 
 
224 aa  281  5e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0315  ribose-5-phosphate isomerase A  63.35 
 
 
224 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5057  ribose-5-phosphate isomerase A  62.9 
 
 
224 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837003  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5150  ribose-5-phosphate isomerase A  62.9 
 
 
224 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.379246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0086  ribose-5-phosphate isomerase A  62.21 
 
 
221 aa  278  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2178  ribose-5-phosphate isomerase A  62.79 
 
 
220 aa  278  6e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.60334e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0147  ribose-5-phosphate isomerase A  62.79 
 
 
220 aa  278  6e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000234877  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0695  ribose 5-phosphate isomerase  61.86 
 
 
220 aa  277  7e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0422  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 
223 aa  277  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04310  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 
223 aa  277  8e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  1.20698e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4847  ribose-5-phosphate isomerase A  61.88 
 
 
223 aa  276  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0123  ribose-5-phosphate isomerase A  63.3 
 
 
219 aa  276  2e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5289  ribose 5-phosphate isomerase  61.43 
 
 
223 aa  275  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2456  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 
230 aa  275  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485153  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3437  ribose-5-phosphate isomerase A  59.64 
 
 
225 aa  275  4e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2775  ribose 5-phosphate isomerase  62.67 
 
 
218 aa  274  7e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124972  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1526  ribose-5-phosphate isomerase A  64.52 
 
 
220 aa  274  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2131  ribose-5-phosphate isomerase A  62.9 
 
 
229 aa  273  1e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0785663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1651  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 
229 aa  271  7e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2206  ribose-5-phosphate isomerase A  61.54 
 
 
234 aa  269  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  61.09 
 
 
232 aa  268  6e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1934  ribose-5-phosphate isomerase A  62.16 
 
 
255 aa  266  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48280  Ribose 5-phosphate isomerase  60.54 
 
 
226 aa  266  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0129  ribose-5-phosphate isomerase A  62.5 
 
 
219 aa  265  4e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3387  ribose-5-phosphate isomerase A  66.36 
 
 
226 aa  265  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.568602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0436  ribose-5-phosphate isomerase A  60.83 
 
 
219 aa  264  7e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0548  ribose 5-phosphate isomerase  61.29 
 
 
220 aa  263  2e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.231532  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1017  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
231 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0237346  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1743  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
231 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1820  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
231 aa  262  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1803  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
231 aa  262  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.488572  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0149  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
231 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689816  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1973  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
231 aa  262  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1260  ribose-5-phosphate isomerase A  61.5 
 
 
235 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2134  ribose-5-phosphate isomerase A  62.21 
 
 
219 aa  262  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213318  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0019  ribose-5-phosphate isomerase A  62.1 
 
 
237 aa  259  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.199344  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02384  ribose-5-phosphate isomerase A  65.05 
 
 
215 aa  259  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22160  Ribose 5-phosphate isomerase  59.36 
 
 
224 aa  258  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2156  ribose-5-phosphate isomerase A  61.99 
 
 
243 aa  258  5e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2516  ribose-5-phosphate isomerase A  60.62 
 
 
235 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0426683  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3987  ribose-5-phosphate isomerase A  61.54 
 
 
230 aa  258  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195243  normal  0.0478731 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1521  ribose-5-phosphate isomerase A  60.37 
 
 
219 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00414948  decreased coverage  8.20366e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4691  ribose-5-phosphate isomerase A  59.03 
 
 
231 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411852  normal  0.781513 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1056  ribose-5-phosphate isomerase A  60.55 
 
 
220 aa  254  5e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2857  ribose-5-phosphate isomerase A  59.73 
 
 
240 aa  254  7e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1450  ribose-5-phosphate isomerase A  58.15 
 
 
230 aa  254  8e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1683  ribose-5-phosphate isomerase A  58.59 
 
 
235 aa  254  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2616  ribose-5-phosphate isomerase A  60.81 
 
 
249 aa  254  1e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1176  ribose-5-phosphate isomerase A  59.07 
 
 
219 aa  253  1e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1471  ribose-5-phosphate isomerase A  58.15 
 
 
230 aa  253  2e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>