43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3472 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3472  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
391 aa  766    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.2382  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1762  major facilitator superfamily (MFS)transporter  39.95 
 
 
401 aa  262  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112506  normal  0.0259533 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3249  major facilitator transporter  30.85 
 
 
385 aa  123  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8922  Arabinose efflux permease-like protein  25.54 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0113  major facilitator transporter  24.93 
 
 
405 aa  86.7  6e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0872  major facilitator superfamily MFS_1  24.66 
 
 
405 aa  79  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0910499  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4585  major facilitator superfamily MFS_1  26.19 
 
 
417 aa  63.2  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4481  major facilitator superfamily MFS_1  26.46 
 
 
391 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0180737  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8086  major facilitator superfamily MFS_1  32.39 
 
 
485 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2047  major facilitator superfamily MFS_1  30.3 
 
 
414 aa  61.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3689  major facilitator transporter  23.9 
 
 
395 aa  59.7  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.890108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2797  major facilitator superfamily MFS_1  25.07 
 
 
402 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.354207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00829  hypothetical protein  25.07 
 
 
402 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.48628  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0872  major facilitator transporter  25.07 
 
 
402 aa  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0917  major facilitator transporter  25.07 
 
 
402 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00812  predicted transporter  25.07 
 
 
402 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.490752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0907  major facilitator transporter  24.8 
 
 
402 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.379242  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0998  transporter, major facilitator family  24.8 
 
 
402 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.207413 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2500  transporter, major facilitator family  24.8 
 
 
402 aa  49.3  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4332  major facilitator transporter  25.64 
 
 
400 aa  48.9  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.823836 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1662  major facilitator superfamily MFS_1  26.34 
 
 
388 aa  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1567  major facilitator transporter  27.96 
 
 
392 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.251372 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5733  major facilitator superfamily MFS_1  22.87 
 
 
394 aa  47.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.594753  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3400  major facilitator transporter  28.02 
 
 
400 aa  47  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2797  major facilitator transporter  24.93 
 
 
375 aa  47.4  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.569839  normal  0.408376 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1115  major facilitator superfamily MFS_1  23.55 
 
 
393 aa  47  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.948444  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1336  major facilitator transporter  21.93 
 
 
404 aa  47  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0114  major facilitator transporter  27.85 
 
 
403 aa  46.6  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3423  major facilitator superfamily MFS_1  24.08 
 
 
402 aa  46.6  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2340  major facilitator superfamily MFS_1  22.75 
 
 
417 aa  46.2  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2533  hypothetical protein  24.47 
 
 
398 aa  45.8  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0651893  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1020  inner membrane protein YbjJ  23.32 
 
 
403 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241467  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18660  hypothetical protein  27.14 
 
 
383 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.166024 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0904  inner membrane protein YbjJ  23.32 
 
 
403 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5300  major facilitator superfamily MFS_1  24.33 
 
 
394 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1615  hypothetical protein  27.14 
 
 
383 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2780  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
395 aa  44.7  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1068  major facilitator transporter  23.67 
 
 
395 aa  44.7  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1001  hypothetical protein  23.32 
 
 
403 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.705543  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0940  inner membrane protein YbjJ  23.59 
 
 
403 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1163  hypothetical protein  28.52 
 
 
391 aa  44.3  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38877  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1480  major facilitator transporter  22.62 
 
 
395 aa  43.5  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  27.97 
 
 
428 aa  43.1  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>