32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3345 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3345  outer membrane lipoprotein  100 
 
 
136 aa  275  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00047922  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3502  outer membrane lipoprotein  93.38 
 
 
136 aa  258  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00358742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0875  outer membrane lipoprotein  73.72 
 
 
135 aa  181  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0373988  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0844  outer membrane lipoprotein  77.21 
 
 
135 aa  179  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000633967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3756  outer membrane lipoprotein  75 
 
 
134 aa  154  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000253291  normal  0.0775646 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0734  outer membrane lipoprotein  57.55 
 
 
134 aa  150  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0102755  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3406  outer membrane lipoprotein  57.35 
 
 
134 aa  149  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000353754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00194  hypothetical protein  57.35 
 
 
134 aa  149  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0103949  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0190  outer membrane lipoprotein  57.35 
 
 
134 aa  149  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374063  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3463  outer membrane lipoprotein  57.35 
 
 
134 aa  149  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0113599  normal  0.831294 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0203  outer membrane lipoprotein  57.35 
 
 
134 aa  149  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000578767  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00195  predicted outer membrane protein, signal  57.35 
 
 
134 aa  149  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0127715  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0200  outer membrane lipoprotein  57.35 
 
 
134 aa  148  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00727312  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0282  outer membrane lipoprotein  57.55 
 
 
134 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.301931 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0266  outer membrane lipoprotein  57.55 
 
 
134 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.358577  normal  0.824485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0285  outer membrane lipoprotein  57.55 
 
 
134 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000747174  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0266  outer membrane lipoprotein  57.55 
 
 
134 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0968818  normal  0.298667 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1040  outer membrane lipoprotein  61.97 
 
 
135 aa  147  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000751128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1093  outer membrane lipoprotein  61.27 
 
 
135 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.42341  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0208  outer membrane lipoprotein  63.06 
 
 
117 aa  130  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.526616  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0207  outer membrane lipoprotein  62.16 
 
 
117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0160957  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3408  putative lipoprotein  69.77 
 
 
43 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0474152  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0271  exopolysaccharide synthesis regulator RcsF  60.47 
 
 
43 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0638658 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3286  putative lipoprotein  28.41 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000316445  normal  0.0806681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1165  putative lipoprotein  30.43 
 
 
132 aa  44.3  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2840  putative rcsF protein  31.17 
 
 
140 aa  43.9  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2750  putative lipoprotein  33.33 
 
 
131 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0134689  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2541  putative lipoprotein  31.08 
 
 
130 aa  40.4  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000507859  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2853  putative lipoprotein  32.84 
 
 
126 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.547961  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2999  putative lipoprotein  32.84 
 
 
126 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2870  putative lipoprotein  32.84 
 
 
126 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.955293  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1506  lipoprotein, putative  32.84 
 
 
126 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>