More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3291 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  100 
 
 		 352 aa  724    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  95.45 
 
 		 352 aa  695    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  83.48 
 
 		 352 aa  612  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  81.2 
 
 		 352 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  80.4 
 
 		 353 aa  566  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  76.79 
 
 		 351 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  76.79 
 
 		 351 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  76.79 
 
 		 351 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  76.5 
 
 		 351 aa  554  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  76.57 
 
 		 352 aa  553  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  76.5 
 
 		 351 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 351 aa  547  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  78.41 
 
 		 352 aa  548  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  78.41 
 
 		 352 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 351 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  78.41 
 
 		 352 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 351 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  74.79 
 
 		 351 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  74.79 
 
 		 351 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 351 aa  547  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 351 aa  546  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 351 aa  546  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  74.64 
 
 		 354 aa  543  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  63.31 
 
 		 358 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  62.11 
 
 		 356 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  60.65 
 
 		 364 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  62.13 
 
 		 360 aa  421  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  60.52 
 
 		 349 aa  418  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  61.76 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  61.83 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  61.76 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  61.47 
 
 		 358 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  61.18 
 
 		 358 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  59.94 
 
 		 358 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  61.76 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  58.86 
 
 		 356 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  59.77 
 
 		 379 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  60.35 
 
 		 357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  58.29 
 
 		 372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  60.23 
 
 		 359 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  60.23 
 
 		 359 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  59.13 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  59.94 
 
 		 359 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  56.38 
 
 		 350 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  57.82 
 
 		 355 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  62.08 
 
 		 304 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  54.57 
 
 		 359 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  54.47 
 
 		 352 aa  357  9.999999999999999e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  50.28 
 
 		 357 aa  352  8e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  53.1 
 
 		 352 aa  345  6e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  54.09 
 
 		 349 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  50.43 
 
 		 379 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  53.8 
 
 		 349 aa  342  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  50.43 
 
 		 405 aa  341  9e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  50.14 
 
 		 383 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  50.14 
 
 		 408 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  50.14 
 
 		 361 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  51.62 
 
 		 353 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  51.03 
 
 		 353 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  48.87 
 
 		 362 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  49.56 
 
 		 358 aa  334  1e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  51.33 
 
 		 354 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  50.3 
 
 		 369 aa  333  4e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  50.43 
 
 		 407 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  52.94 
 
 		 355 aa  332  6e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  52.94 
 
 		 355 aa  330  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  48.82 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  48.53 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  49.86 
 
 		 429 aa  330  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 392 aa  328  6e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  50.59 
 
 		 354 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 354 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 354 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 354 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 403 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 404 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 406 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  49.28 
 
 		 404 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  49.56 
 
 		 353 aa  314  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  46.09 
 
 		 352 aa  309  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  47.44 
 
 		 348 aa  306  3e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  49.56 
 
 		 364 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  45.16 
 
 		 371 aa  288  9e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  45.98 
 
 		 363 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  46.22 
 
 		 359 aa  281  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  42.53 
 
 		 372 aa  278  7e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  45.32 
 
 		 358 aa  278  8e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  45.14 
 
 		 381 aa  278  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  43.97 
 
 		 365 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  41.26 
 
 		 360 aa  275  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  46.27 
 
 		 353 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  44.41 
 
 		 363 aa  272  8.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  44.61 
 
 		 378 aa  271  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  41.42 
 
 		 359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  48.36 
 
 		 385 aa  269  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  43.84 
 
 		 378 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>