More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3281 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  100 
 
 		 387 aa  808    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  74.42 
 
 		 410 aa  618  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  66.41 
 
 		 409 aa  551  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  65.63 
 
 		 397 aa  543  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  65.03 
 
 		 394 aa  541  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  65.1 
 
 		 402 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  63.09 
 
 		 402 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  63.57 
 
 		 389 aa  533  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  62.95 
 
 		 391 aa  531  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  63.28 
 
 		 396 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  63.28 
 
 		 387 aa  530  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  64.51 
 
 		 396 aa  524  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  61.72 
 
 		 404 aa  527  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  60.94 
 
 		 404 aa  521  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  61.2 
 
 		 404 aa  522  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  60.42 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  61.46 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  61.46 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  59.64 
 
 		 394 aa  501  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  60.94 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  59.11 
 
 		 396 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  59.11 
 
 		 394 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  59.64 
 
 		 396 aa  493  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  58.59 
 
 		 404 aa  484  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  58.07 
 
 		 395 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  58.59 
 
 		 404 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  58.59 
 
 		 404 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  56.92 
 
 		 401 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  54.49 
 
 		 367 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  47.8 
 
 		 401 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  46.51 
 
 		 391 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  45.9 
 
 		 404 aa  365  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  46.55 
 
 		 402 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  45.91 
 
 		 385 aa  362  6e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  45.65 
 
 		 397 aa  359  4e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  47.15 
 
 		 402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  44.87 
 
 		 393 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  46.45 
 
 		 421 aa  337  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  42.78 
 
 		 404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  42.82 
 
 		 404 aa  335  9e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  42.82 
 
 		 404 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  42.49 
 
 		 406 aa  334  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  42.56 
 
 		 404 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  42.56 
 
 		 404 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  41.04 
 
 		 411 aa  333  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  45.99 
 
 		 406 aa  331  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  41.97 
 
 		 394 aa  331  1e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  40.75 
 
 		 421 aa  328  9e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  40.25 
 
 		 419 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  42.31 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  41.9 
 
 		 418 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.75 
 
 		 422 aa  325  1e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  44.87 
 
 		 401 aa  325  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  41.88 
 
 		 413 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  41.49 
 
 		 405 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  40 
 
 		 420 aa  323  5e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  42.86 
 
 		 403 aa  322  9.000000000000001e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  41.9 
 
 		 418 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  41.75 
 
 		 407 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  44.13 
 
 		 407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  43.81 
 
 		 389 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  41.36 
 
 		 390 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  42.34 
 
 		 391 aa  316  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  40 
 
 		 421 aa  316  4e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  42.6 
 
 		 400 aa  315  8e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  40.9 
 
 		 419 aa  315  9.999999999999999e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  42.82 
 
 		 404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  39 
 
 		 421 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.75 
 
 		 420 aa  312  5.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  40.75 
 
 		 419 aa  312  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  42.07 
 
 		 420 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  39.5 
 
 		 420 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  44.08 
 
 		 410 aa  310  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  43.67 
 
 		 401 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.5 
 
 		 421 aa  309  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  39.25 
 
 		 421 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  40.72 
 
 		 438 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  39.7 
 
 		 424 aa  306  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  40.62 
 
 		 403 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  39.7 
 
 		 419 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  42.42 
 
 		 419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  43.18 
 
 		 378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  40.26 
 
 		 404 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  40.25 
 
 		 419 aa  301  9e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  39.2 
 
 		 419 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  39.7 
 
 		 421 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  39.2 
 
 		 419 aa  299  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  40.83 
 
 		 403 aa  299  5e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  40.58 
 
 		 395 aa  299  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  39.45 
 
 		 419 aa  298  9e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  38.94 
 
 		 419 aa  298  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  39.95 
 
 		 419 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  40.87 
 
 		 397 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  40.36 
 
 		 412 aa  298  1e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  39.95 
 
 		 419 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  40.21 
 
 		 404 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  39.56 
 
 		 428 aa  297  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  40 
 
 		 419 aa  297  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  38.77 
 
 		 429 aa  296  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  39.59 
 
 		 421 aa  296  4e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>