135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3275 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
86 aa  173  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  94.19 
 
 
86 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  54.76 
 
 
88 aa  95.5  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  56.92 
 
 
86 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  53.52 
 
 
86 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  52.5 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  52.5 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  57.81 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  54.05 
 
 
88 aa  81.6  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  55.93 
 
 
86 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
73 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  50 
 
 
76 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  50 
 
 
87 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  48.28 
 
 
61 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  47.62 
 
 
65 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  47.3 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  51.79 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  44.26 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  43.55 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  41.79 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 
65 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  41.27 
 
 
70 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  45.76 
 
 
80 aa  59.3  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 
62 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
74 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  43.1 
 
 
95 aa  58.2  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  48.15 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  48.15 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  48.15 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  40.3 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  45.28 
 
 
80 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
64 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  37.29 
 
 
103 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 
71 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 
76 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0868  prophage regulatory protein AlpA  37.84 
 
 
93 aa  53.9  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0624005  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  43.1 
 
 
66 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  41.79 
 
 
74 aa  53.9  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  44.07 
 
 
75 aa  53.9  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 
75 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  33.87 
 
 
66 aa  53.5  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  38.98 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  40.62 
 
 
69 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 
75 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
66 aa  52.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  50 
 
 
69 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1618  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
83 aa  51.6  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.939169  normal  0.0191928 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 
61 aa  52  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  40.32 
 
 
68 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
70 aa  51.6  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 
70 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 
71 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  48.21 
 
 
75 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 
68 aa  51.2  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  38.1 
 
 
70 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  34.25 
 
 
70 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
72 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 
72 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  41.82 
 
 
68 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  37.31 
 
 
74 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 
71 aa  50.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 
71 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 
68 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  38.1 
 
 
72 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
70 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
68 aa  50.1  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
70 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
71 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  38.1 
 
 
72 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 
68 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 
64 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.62 
 
 
70 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
64 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 
71 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 
68 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  40 
 
 
72 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  36.51 
 
 
70 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2358  phage transcriptional regulator, AlpA  34.92 
 
 
86 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0201012  normal  0.0278403 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  35.94 
 
 
72 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 
74 aa  48.5  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 
66 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  37.5 
 
 
71 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  34.21 
 
 
72 aa  47.4  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3752  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
93 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.433172  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  35.94 
 
 
67 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 
56 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 
74 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0922  phage transcriptional regulator, AlpA  35.9 
 
 
78 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.124152  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  32.05 
 
 
71 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 
75 aa  45.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  34.78 
 
 
70 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>