150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3269 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  60.03 
 
 
777 aa  942    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  93.68 
 
 
775 aa  1484    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  58.38 
 
 
776 aa  914    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 
775 aa  1611    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  58.25 
 
 
777 aa  915    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  60.39 
 
 
777 aa  949    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  59.84 
 
 
777 aa  920    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  59.72 
 
 
777 aa  917    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  59.97 
 
 
777 aa  922    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  41.54 
 
 
763 aa  571  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  41.28 
 
 
763 aa  567  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0946  D5 family nucleoside triphosphatase  52.7 
 
 
605 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0622  P4 family phage/plasmid primase  50.57 
 
 
477 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.77951  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  31.18 
 
 
636 aa  219  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.1 
 
 
681 aa  204  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.1 
 
 
678 aa  197  5.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  35.94 
 
 
681 aa  196  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  37.46 
 
 
895 aa  195  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  39.06 
 
 
890 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  39.06 
 
 
890 aa  184  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  38.92 
 
 
878 aa  170  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  34.82 
 
 
899 aa  150  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  34.01 
 
 
929 aa  143  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  36.21 
 
 
273 aa  139  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  29.18 
 
 
368 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  25.98 
 
 
1145 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  25.96 
 
 
1172 aa  124  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  26.01 
 
 
1172 aa  123  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  30.45 
 
 
338 aa  120  9e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  24.25 
 
 
632 aa  110  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  36 
 
 
813 aa  104  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  35.32 
 
 
818 aa  103  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  39.79 
 
 
271 aa  94  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  32.83 
 
 
275 aa  93.6  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  22.61 
 
 
1000 aa  92.8  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  29.81 
 
 
309 aa  91.3  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  33.68 
 
 
782 aa  86.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  33.11 
 
 
277 aa  85.5  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  35 
 
 
848 aa  84.3  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  37.5 
 
 
621 aa  80.9  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  28.26 
 
 
336 aa  80.5  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  37.5 
 
 
354 aa  80.5  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  33.75 
 
 
746 aa  79.7  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  31.89 
 
 
739 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  32.06 
 
 
778 aa  79.7  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  33.51 
 
 
736 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  29.84 
 
 
744 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  33.1 
 
 
1077 aa  77.8  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  28.62 
 
 
1389 aa  77.4  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0564  ATPase-like  22.89 
 
 
902 aa  75.9  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0661178  normal  0.572377 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  31.55 
 
 
272 aa  76.6  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  32.68 
 
 
303 aa  76.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  32.67 
 
 
278 aa  76.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  36.72 
 
 
833 aa  75.9  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  27.86 
 
 
321 aa  75.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  30.57 
 
 
1557 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  32.35 
 
 
621 aa  74.7  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  32.91 
 
 
955 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  32.72 
 
 
297 aa  73.9  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  35.76 
 
 
1495 aa  73.6  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  28.64 
 
 
1448 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  26.83 
 
 
978 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  27.64 
 
 
717 aa  72.4  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  36.18 
 
 
357 aa  72  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  28.64 
 
 
1448 aa  72  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  27.91 
 
 
717 aa  71.2  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1624  primase 2  28.63 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  33.17 
 
 
950 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  27.97 
 
 
361 aa  68.2  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  27 
 
 
524 aa  67.8  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  32.34 
 
 
621 aa  67.4  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  27.27 
 
 
828 aa  67.4  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  26.83 
 
 
717 aa  67.4  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  31.46 
 
 
620 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  31.93 
 
 
1580 aa  65.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  24.14 
 
 
531 aa  65.1  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  30.77 
 
 
797 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  29.05 
 
 
986 aa  64.7  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  26.07 
 
 
357 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  26.07 
 
 
411 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  28.34 
 
 
615 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  24.38 
 
 
612 aa  62.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  26.23 
 
 
358 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  28.87 
 
 
341 aa  63.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  26.23 
 
 
358 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  25.71 
 
 
336 aa  62.4  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  28.34 
 
 
615 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  26.24 
 
 
355 aa  62  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  22.54 
 
 
771 aa  61.6  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  22.36 
 
 
769 aa  61.2  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  35.85 
 
 
953 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  31.65 
 
 
955 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  41.1 
 
 
371 aa  59.7  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  33.08 
 
 
355 aa  59.7  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  27.81 
 
 
615 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  31.65 
 
 
950 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  37.38 
 
 
896 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  27.8 
 
 
738 aa  58.9  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  26.75 
 
 
486 aa  58.9  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  35.29 
 
 
958 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>