19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3244 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3244  type VI secretion-associated protein, VC_A0118 family  100 
 
 		 186 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1081  type VI secretion-associated protein, VC_A0118 family  91.94 
 
 		 186 aa  350  8.999999999999999e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.212059  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2796  type VI secretion-associated protein, VC_A0118 family  71.66 
 
 		 187 aa  283  9e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0397  hypothetical protein  33.16 
 
 		 228 aa  85.9  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0324  hypothetical protein  33.16 
 
 		 228 aa  85.9  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0230  type VI secretion-associated protein  32.82 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0236  type VI secretion-associated protein, VC_A0118 family  32.82 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0228  type VI secretion-associated protein  32.82 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1220  type VI secretion-associated protein  30.48 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.225071 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1101  type VI secretion-associated protein, family  29.41 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0055  hypothetical protein  38.46 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2518  hypothetical protein  29.46 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.356894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3722  hypothetical protein  30.68 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4073  hypothetical protein  33.33 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000242305  unclonable  0.000000767708 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1207  hypothetical protein  26.4 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.131804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3223  hypothetical protein  28.33 
 
 		 245 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2128  hypothetical protein  25.56 
 
 		 216 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2625  hypothetical protein  27.41 
 
 		 231 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0930026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0019  hypothetical protein  28.71 
 
 		 227 aa  45.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>