161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3242 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  34.6 
 
 		 1208 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  44.53 
 
 		 1174 aa  952    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  44.53 
 
 		 1174 aa  952    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  88.15 
 
 		 1165 aa  2096    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  100 
 
 		 1165 aa  2379    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  96.57 
 
 		 1165 aa  2269    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 1194 aa  784    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  37.31 
 
 		 1187 aa  845    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  44.94 
 
 		 1153 aa  937    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  44.94 
 
 		 1153 aa  937    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  45.61 
 
 		 1177 aa  1040    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  40.61 
 
 		 1008 aa  771    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  37.79 
 
 		 1182 aa  823    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  45.61 
 
 		 1177 aa  1040    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  34.42 
 
 		 1194 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  34.33 
 
 		 1206 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  34.72 
 
 		 1206 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  34.61 
 
 		 1205 aa  609  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  24.04 
 
 		 1172 aa  357  5e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  26.28 
 
 		 1176 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  26.39 
 
 		 1102 aa  318  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  23.03 
 
 		 1181 aa  314  5.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  24.96 
 
 		 1209 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  24.96 
 
 		 1209 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  24.96 
 
 		 1209 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  24.96 
 
 		 1209 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  24.96 
 
 		 1209 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  24.96 
 
 		 1209 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  25.02 
 
 		 1209 aa  309  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  24.86 
 
 		 1171 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  24.01 
 
 		 1182 aa  303  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  24.42 
 
 		 1209 aa  301  6e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  25.84 
 
 		 1179 aa  300  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  24.52 
 
 		 1208 aa  299  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  25.71 
 
 		 1179 aa  296  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  24.74 
 
 		 1209 aa  296  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  25.08 
 
 		 1199 aa  292  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  25.09 
 
 		 1218 aa  290  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  24.9 
 
 		 1212 aa  290  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  24.48 
 
 		 1211 aa  278  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  25.43 
 
 		 1175 aa  274  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  24.88 
 
 		 1192 aa  272  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  25.61 
 
 		 1168 aa  270  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  25.47 
 
 		 1175 aa  270  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  24.82 
 
 		 1205 aa  266  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  23.93 
 
 		 1207 aa  265  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  25.64 
 
 		 1175 aa  264  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  25.91 
 
 		 1220 aa  260  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  22.88 
 
 		 1129 aa  247  8e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  22.76 
 
 		 1130 aa  247  8e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  23.9 
 
 		 1302 aa  245  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  24.66 
 
 		 1152 aa  242  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  24 
 
 		 1157 aa  240  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  24.71 
 
 		 1204 aa  232  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  23.76 
 
 		 1164 aa  232  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  23.53 
 
 		 1181 aa  229  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  23.13 
 
 		 1268 aa  228  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  24.53 
 
 		 1302 aa  227  8e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  22.8 
 
 		 1302 aa  216  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  23 
 
 		 1302 aa  216  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  22.8 
 
 		 1302 aa  214  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  21.88 
 
 		 1195 aa  211  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  23.55 
 
 		 1302 aa  210  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  21.97 
 
 		 1164 aa  199  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  21.97 
 
 		 1164 aa  199  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  22.9 
 
 		 1148 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  21.76 
 
 		 1329 aa  186  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  24.58 
 
 		 1365 aa  183  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  22.08 
 
 		 1275 aa  181  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  22.08 
 
 		 1275 aa  181  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  21.96 
 
 		 1270 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  23.11 
 
 		 1369 aa  174  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  23.01 
 
 		 1317 aa  173  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  24.74 
 
 		 1366 aa  172  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  23.18 
 
 		 1365 aa  171  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  22.1 
 
 		 1332 aa  160  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  21.7 
 
 		 1348 aa  157  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  28.12 
 
 		 831 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  25.04 
 
 		 830 aa  154  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  21.58 
 
 		 1150 aa  153  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  27.53 
 
 		 831 aa  153  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  21.78 
 
 		 1230 aa  152  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  27.27 
 
 		 830 aa  151  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  26.75 
 
 		 831 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  26.75 
 
 		 831 aa  149  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  22.14 
 
 		 1288 aa  144  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  21.92 
 
 		 1358 aa  142  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  21.88 
 
 		 1164 aa  141  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  22.21 
 
 		 1358 aa  141  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  22.21 
 
 		 1358 aa  141  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  22.04 
 
 		 1167 aa  138  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  22.04 
 
 		 1167 aa  138  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  22.04 
 
 		 1167 aa  137  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  22.04 
 
 		 1167 aa  137  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0500  hypothetical protein  20.5 
 
 		 973 aa  134  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0524  hypothetical protein  20.76 
 
 		 973 aa  129  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  28.06 
 
 		 1173 aa  129  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  27.84 
 
 		 1173 aa  127  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  21.82 
 
 		 1147 aa  125  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  23.39 
 
 		 1176 aa  125  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>